大家找到校長詢問他下雨的時候是否出現在操場，沒想到卻得到了否定的回答，為了證實校長的說法，柯南又來找了在保健室休息的世古國繁，因為他與保坂從小一起長大，所以又了解了更多關于保坂的事情，這時，小蘭在走廊的木板上發現污漬，柯南將這些污漬與操場上出現的刮痕相聯系，沒錯，制造靈異事件的就是那個人!

小蘭班上轉來了一個與水無很相像的男孩子本堂瑛祐，這不禁讓柯南提高了警惕，見面之后，柯南發現他只是一個極度迷糊的少年，也放下了心來，這時，事務所來了一個叫三角篤的男人，他委托小五郎找和自己吵架而消失的伴侶， 在柯南的提醒下，大家來到了他們初次相識的群馬滑雪場，沒想到他的伴侶居然在密閉的車內死亡，雖然狀似自殺，但柯南認為這是他殺案件，而兇手就是……

沒過一會兒，柯南就收到了園子被人搶走的手機傳來的簡訊，雖然還不知道傳簡訊人的意圖，但柯南卻察覺到事有蹊蹺，他立刻打電話給小蘭讓她注意安全。與此同時，他還解開了博士留下的暗號，根據這個暗號的設計原理，他突然想起了死者見山所留下來數字的含義，然而，此刻遠離柯南的園子和小蘭就在兇手的車子上……

除了發現煙頭，柯南還發現二川身上多處沾有血跡，博士等人也在懸崖上找到了寫有遺書的手機，回到旅館后柯南將這件命案告訴了其他人，就在大家根據二川留下的遺書認為他是自殺時，柯南卻說他是被人用鋼管擊中頭部墜落山崖而死，于是少年偵探隊便對其他三個可疑人的房間進行檢查，雖然一無所獲，但柯南還是發現了蛛絲馬跡，他讓灰原配合他演戲，沒想到真的有人上鉤，這個人就是真兇嗎？

某個炎熱的夏日，博士帶少年偵探隊來到山里采集昆蟲，期間，博士出了一道暗號讓他們進行尋寶，內容是“丸蟲、家、帳篷”沒想到這個暗號居然難住了柯南。另一方面，在海灘度假的小蘭，打電話給柯南說她們那里發生了命案，死者是與小蘭住一家旅館的見山，之后，她和園子還遭到了攻擊，而唯一的線索就只有死者留下的一串字母。