與此同時，可張國燾遲遲不過草地，借口草地暴雨成災，重返阿壩。朱德為執行中央北上的方針與張國燾進行斗爭。毛澤東令紅一軍團立即向俄界前進，并爭取陳浩昌支持中央北上的方針。張國燾電告陳浩昌、徐向前，要他們率右路軍再過草地，南下阿壩，與左路軍會師，彭德懷告訴毛澤東：他聞到了一種味道。就要禍起蕭墻，毛澤東命令洛甫、博古隨彭德懷去三軍團。毛澤東去前敵找陳浩昌說去三軍團開會。毛澤東使出金蟬脫殼之計，指揮紅一方面軍乘夜色悄然北上。

1203年秋，鐵木真派合撒兒父子向王汗假降，率兵奇襲了王汗的金帳，克烈部被消滅。王汗與其子桑昆意見不合，王汗想投奔乃蠻部太陽汗，結果被其邊疆一小吏殺死，桑昆在逃亡途中被其部下所殺。太陽汗聽信其寵妃古兒別速意見，令人割下王汗的腦袋到汗庭辨認。太陽汗為王汗舉行了隆重的葬禮，但事后又令人踩碎了王汗的腦袋，并輕率地決定出兵討伐鐵木真。 汪古部首領派其子向鐵木真進貢，透露了太陽汗企圖進攻蒙古部的消息。鐵木真率軍出征乃蠻，雙方發生納忽崖之戰，太陽汗步步后退，損失慘重。

躲在海島、生命垂危的對方國王聽到其母后與后妃被俘、王子被殺的消息，情緒激動。他當即廢掉了母后確定的小王儲，將王位傳給札蘭丁。在這個小島上，這位國王悲慘地死去。札蘭丁率部至舊都，準備組織軍民與蒙軍決戰，但其母族將領又企圖發動政變，殺害札蘭丁。札蘭丁只好離開舊都。 札蘭丁迅速集中了十余萬軍隊，在八魯灣大敗蒙古將領失吉忽禿忽，蒙古三萬大軍全軍覆沒。成吉思汗、拖雷率軍進攻對方的一座城堡，其愛孫、察合臺的繼位人木阿禿干戰死。成吉思汗親自指揮攻克了這座城市，為其愛孫報仇。 因術赤與察合臺不合，對方舊都久攻不下。成吉思汗命令窩闊臺為前線指揮，一個月后攻下此城。 成吉思汗會師追擊札蘭丁，在其南部邊界河邊與札蘭丁軍決戰。札蘭丁受傷后突出重圍逃走。

鐵木真被迫向東部草原呼倫貝爾撤退，并派豁兒赤、別勒古臺向王汗求和。豁兒赤、別勒古臺的出使無異于一場攻心戰，它使王汗陣營發生分裂，并為鐵木真贏得了政治上的主動和整軍備戰的時機！札木合等人對王汗不滿，密謀兵變，被王汗發現，4人只好逃離克烈部，投奔乃蠻部的太陽汗。 公元1203年夏，為了防止桑昆再次實行突然襲擊，鐵木真被迫將營地向呼倫湖西南的班朱尼小湖邊轉移。金朝耶律阿海兄弟與畏兀兒大商人鎮海歸附鐵木真，不久又找到合撤兒父子，鐵木真與19位首領共飲班朱尼河水。從此，“共飲班朱尼河水”成為鐵木真創業史上的佳話，它反映了鐵木真不畏艱險，失敗了再干的奮斗精神！鐵木真決心收集部眾，向王汗發動進攻。 王汗內部進一步分裂，其弟札合敢不與蔑兒乞部降將答亦兒兀孫也離開王汗，投奔乃蠻。

泰赤烏部首領塔里忽臺率眾襲擊了鐵木真一家，鐵木真為引開敵人，逃入不兒罕山。塔里忽臺包圍不兒罕山九天九夜，鐵木真不得不走出深山，被對方活捉。塔里忽臺企圖用鐵木真的人頭祭天祭山，鐵木真打傷看守他的脫朵后逃走了。泰赤兀部的奴隸鎖兒罕失剌一家掩護了鐵木真，鎖兒罕失剌的女兒合答安成為鐵木真的情人。鐵木真死里逃生，巧遇幼年的安答札木合，二人再次結為安答。博兒術、者勒蔑等先后投靠鐵木真。