小蘭的同學(xué)直子被綁架，當(dāng)歹徒發(fā)現(xiàn)有警察時(shí)，便放棄交易開車沖進(jìn)海里，直子再次下落不明，直子父親的秘書花井很是擔(dān)心。某日，小五郎突然接到不要在調(diào)查此事的要求，柯南察覺事有蹊蹺，暗暗潛入直子家后聽到了花井和直子爸爸的談話，原來直子的爸爸再次接到歹徒電話，但他卻不愿花五億保女兒的性命，這讓花井很生氣，柯南躲在后備箱里，跟著他們來到交易場(chǎng)所，見到了所謂的「歹徒」。

暮目警官趕來寺院展開調(diào)查，就在大家一籌莫展準(zhǔn)備離開時(shí)，獨(dú)自調(diào)查的柯南從被強(qiáng)大力量打破的墻壁、切口變形的走廊木板、被丟在樹林里的角窗碎片和膠帶中洞察到了兇手的犯案手法，以及兇手就在四個(gè)修行僧當(dāng)中，他用阿笠博士給他的紐扣擴(kuò)音器道出真相，而兩年前以同樣手法殺死修行僧忠念的居然另有其人。

阿笠博士送給柯南一幅追蹤犯人眼鏡，柯南本想把發(fā)信器粘在小蘭身上，卻陰錯(cuò)陽(yáng)差的粘在了來偵探事務(wù)所找爸爸的雅美手表上，根據(jù)女孩提供的信息柯南在賽馬場(chǎng)找到了女孩的爸爸健三，事情本應(yīng)就此結(jié)束，可第二天傳來的卻是健三的死訊，擔(dān)心雅美有危險(xiǎn)，柯南利用追蹤器找到了一個(gè)高大的男人并非雅美，從柯南另一個(gè)參與此事的偵探口中得知此事并非尋人那么簡(jiǎn)單，深入調(diào)查過程中，又出現(xiàn)了一樁命案。

委托人為表示感謝，招待小五郎三人溫泉旅行，他們?cè)诖畛藴娇h的列車上，遇到了兩名爭(zhēng)吵的醫(yī)生佐藤、伊達(dá)，期間伊達(dá)曾生氣離開。換乘休息的途中，警察在與湯之山線列車路線基本相同的花之街線列車上發(fā)現(xiàn)尸體，柯南洞察到伊達(dá)神情怪異有犯罪嫌疑，可他是怎么樣在兩趟不一樣的列車上游走殺人的？

一群人為長(zhǎng)門會(huì)長(zhǎng)慶祝生日的時(shí)候，他的女婿光明不知被何人襲擊發(fā)出慘叫，此時(shí)大家在樓下的陽(yáng)臺(tái)上看到長(zhǎng)子秀臣口中含刀，當(dāng)大家趕到時(shí)，光明已被推到鐵欄桿外面氣斷身亡，案發(fā)之后的第二天，警方在池塘底部發(fā)現(xiàn)秀臣，看似自殺的尸體留下一封遺書，而且他違背常理的衣服，透露出秀臣是在案發(fā)前就被人毒害投入池塘中。