柯南得知了整個案件的真相之后，將小五郎麻醉并把旅店的所有人都叫到廚房，他首先請出了這起案件的關鍵——三郎，就在大家疑惑時，屋子里又出現了一只和三郎一樣的狗，柯南道出了連老板娘都不知道的隱情……解釋清楚三郎的事情后，接下來就是戳穿兇手，揭示真相的時刻，兇手根本就不是森林里帶黑色針織帽子的男子，相反的她就在這間旅店中，沒錯，兇手就是……

雖然可以確定兇手就是大場先生，但是還有兩個疑點未能破解，就在新一深入調查的時候，他的身體突然一陣疼痛，藥物正在漸漸失效，他強忍住即將變小的身體所帶來的痛苦，堅持將案件的真相公諸于眾，案件完美解決之后，新一又變回了柯南，再次的突然離開，他將如何向小蘭解釋？

灰原這么做的目的是要叮嚀柯南坦白有風險，讓他謹慎考慮，并在他面前擺出三個選擇，柯南會如何抉擇？另一邊，帝丹高中園游會的當天，話劇在體育場上演的時候，觀眾席竟然出現了謀殺案件，這時，突然出現了一位迷之少年，當他摘掉隱藏身份的帽子時，在場的所有人都驚呆了，許久未露面的工藤新一居然會出現在這里，然而，和葉卻揭穿了這個家伙的真實身份。

青野木亮藏是在形成密室的茶室中被殺的，橫溝警官開始詢問時卻發現沒有人到過茶室,所有人都有不在場證明。在調查茶室外圍的時候柯南發現了兇手的犯罪手法和證據。“沉睡的小五郎”召集大家道出了兇手利用一根繩子的作案手法和犯人的身份。在鐵證下兇手終于承認自己的罪行并道出了原因。

和葉與服部帶小蘭他們游大阪的時候遇到了一個特殊的旅行團，他們都是豐臣秀吉的崇拜者，因此在團隊中大家都扮演不同的角色，但柯南等人卻惟獨沒有見到“豐臣秀吉”。然而沒過多久，有個人滿身是火的從天守閣上墜落死亡，而此人正是旅行團中的“豐臣秀吉”，服部和柯南在尸體周圍找到了碎片和一個卷軸，這時，和葉說這和十三年前發生的焦尸案一樣，雖然沒有什么頭緒，但柯南和服部斷定這一定和豐臣秀吉的寶藏有關。