小五郎三人陰錯陽差的搭上了簱本家的豪華游輪，并遇到新婚夫婦夏江和小武，這時，簱本當(dāng)家豪藏找孫女婿小武談話，他識破了小武是自己害死的對頭財誠勇夫的兒子。當(dāng)大家都在餐廳用餐時，突然傳來管家鈴木的慘叫，豪藏遇害，大家把矛頭指向小武并將他關(guān)進倉庫，可是到了晚上，柯南又在夾板上發(fā)現(xiàn)了長孫女秋江丈夫的尸體，被禁足的小武也不見了蹤影。

就在警察要強行帶走小五郎時，柯南在機械室和浜田的尸體上發(fā)現(xiàn)的有力證據(jù)幫他洗清了嫌疑，而目前最有可能殺人的就是上原，當(dāng)大家要暗中逮捕上原時，木下出面說自己去勸他自首，五分鐘后，屋內(nèi)響起槍聲，上原射傷木下逃跑。柯南重新回到竜神號調(diào)查并和鈴一起進入海軍山洞，卻在這里發(fā)現(xiàn)上原的尸體……

戶屋英子是服裝界的名設(shè)計師，但是她所設(shè)計的服裝卻搶先被其它的廠商發(fā)表上市。明明知道是她的秘書盜取商業(yè)機秘圖利轉(zhuǎn)售卻又無可奈何。這天小蘭被選為英子的模特和柯南，小五郎一起來到英子的公司。而就在這時突然發(fā)現(xiàn)英子的秘書美香被刺身亡。在勘察現(xiàn)場之后柯南最終發(fā)現(xiàn)了英子殺人的手法，而在鐵證面前，戶屋英子也承認了自己的罪行。

阿笠博士送給柯南一幅追蹤犯人眼鏡，柯南本想把發(fā)信器粘在小蘭身上，卻陰錯陽差的粘在了來偵探事務(wù)所找爸爸的雅美手表上，根據(jù)女孩提供的信息柯南在賽馬場找到了女孩的爸爸健三，事情本應(yīng)就此結(jié)束，可第二天傳來的卻是健三的死訊，擔(dān)心雅美有危險，柯南利用追蹤器找到了一個高大的男人并非雅美，從柯南另一個參與此事的偵探口中得知此事并非尋人那么簡單，深入調(diào)查過程中，又出現(xiàn)了一樁命案。

小五郎帶著小蘭等人去京都參朋友的婚禮，在新干線上柯南看見了兩名可疑黑衣男子，他利用阿笠博士送他的眼鏡竊聽到了不得了的事情——這輛新干線上有炸彈并且即將爆炸，眼看黑衣人離開新干線，柯南只能憑自己找到那只裝有炸彈的黑皮箱，鎖定了炸彈所在的車廂后，柯南對車廂里的四人進行試探，卻毫無頭緒，關(guān)鍵時刻元太的一句話提醒了他。