原來這個(gè)叫葉才三的人，就是二十年前「四億元強(qiáng)盜殺人案」的主謀，鮫崎和小武郎急忙趕到葉才三所在的101號房卻發(fā)現(xiàn)屋內(nèi)空無一人，反而吵醒了睡在隔壁的服部，之后，大家找遍交響樂號也沒有發(fā)現(xiàn)葉才三的身影，如果挨過今晚，法律將不再追訴他們二十年前所犯下的罪行，葉才三和他的同伙也將恢復(fù)自由之身。十二點(diǎn)之后，甲板上傳出槍聲旗子也被人點(diǎn)燃，柯南發(fā)現(xiàn)了一張寫有奇怪語句的紙鈔，這時(shí)，船尾發(fā)生爆炸，而在這熊熊大火之中，隱約可見一具尸體。

少年偵探團(tuán)因成功抓捕強(qiáng)盜而大出風(fēng)頭，某日，大家一起外出的時(shí)候，步美被一輛急駛而過的紅色轎車撞傷，柯南用滑板載著光彥和元太一起去追肇事車輛，奇怪的是，每到轉(zhuǎn)角車子都會停下來，好像故意等他們一樣，當(dāng)柯南等人追到石倉工廠時(shí)，車子不見蹤影，之后，車子有突然出現(xiàn)并一路駛向警察局，沒過得多久，柯南等人得知石倉工廠發(fā)生了命案……

在流水亭吃飯的時(shí)候，柯南再次遇到謀殺案件，死者是繩文大學(xué)的新井副教授，同行的兩人金田和巖間表示他們是為了慶祝新井晉升才來流水亭，調(diào)查后并沒有發(fā)現(xiàn)可疑人物出現(xiàn)在新井遇害的八號房，而當(dāng)時(shí)金田和巖間也都有不在場證明。但一切瞞不過柯南的眼睛，在查看了金田和巖間所在的三號房和送飯用的船只后，找到了兇犯難以逃脫的鐵證。

前往洋子演唱會的途中，小五郎弄丟了門票，這時(shí)，碰巧遇到了一個(gè)叫青島全代的小姐，她表示如果能接她妹妹聽演唱會，就愿意把多余的門票讓給小五郎。當(dāng)大伙兒到全代的家時(shí)發(fā)現(xiàn)她的妹妹美菜在一個(gè)密閉的浴室中狀似自殺死亡多時(shí)，這個(gè)浴室的門窗縫隙全部從內(nèi)部用膠帶貼住，經(jīng)過鑒識膠帶上只有美菜一個(gè)人的指紋，雖然警方認(rèn)為這是自殺案件，但種種疑點(diǎn)表明這絕對是謀殺。

步美生病一人在家休息，就連有電話打進(jìn)來她也因熟睡也沒有接聽，但過了一會兒，步美聽到有人撬門的聲音，不禁想起了前些日子歹徒入室殺人的事情，可她還沒來得及報(bào)警，歹徒就破門而入了，她慌忙躲在床下，用少年偵探的徽章聯(lián)系柯南，因?yàn)椴荒苷f話她就用假面超人鬧鐘聲音代替自己傳達(dá)求救訊息，可元太光彥確認(rèn)為步美在惡作劇，柯南會棄之不理還是解開暗號呢？步美又會展開怎樣的自救？