和葉的風車給了服部提示，同時柯南也知道了房屋血跡和尸體消失的手法，在否定小五郎異想天開的推測后，服部說出了真相并且指出在背后操作的人正是住持傳久的師父，然而他這么做的目的到底是什么？了結了升岳寺案件后，小五郎連夜驅車返回住處，次日，服部要去參加日賣電視臺在一座無人島舉辦的高中生推理大賽，柯南也隨他一同前往，沒想竟然在這里遇見了白馬探！

根據死者身上殘留的余溫，新一和服部推斷出兇手就在這附近，他們借用偶然碰見的高木警官的權力封鎖了收費站，并且很快將犯人鎖定在三個人身上，之后，他們又在死者的車窗上發現了兩個小孔，這無疑是揪出兇手的關鍵性線索，然而，灰原給新一的藥即將失效，新一該如何應對？小蘭一直吞吞吐吐想要告訴他的話又是什么？

為防止基德混入人群，次郎吉將所有人都隔離在防護網外，在眾粉絲表示不滿的同時，基德也宣告自己不會在如此冷清的舞臺表演，在他的煽動下，粉絲們沖破包圍網。魔術表演開始以前，他找到死對頭柯南并在他身上安裝了竊聽器，一切準備就緒，基德順利拿走了寶石鞋子，然而就在他通往樓頂的途中，看破瞬間移動的柯南出現在樓頂……

柯南、少年偵探團、哀、阿笠博士來到阿笠博士友人所在村莊觀光，在夜晚的溪邊等待放螢火蟲時，村長的兒子中嶺和助手垂水乘坐運送螢火蟲的貨車到達。垂水打開貨車上的箱子，螢火蟲便成群結隊的飛了出來。元太為了要抓螢火蟲，爬上了貨車，隨手拿走了貨車上的手電。在大家陶醉于欣賞螢火蟲時，助手垂水接到一通中嶺打來的電話，說中嶺在烏帽巖，救命。柯南等人到達時，發現中嶺已經死在車內，地上放著疑似有毒的飲料瓶，車內還飛著一只……螢火蟲。。。

根據紙飛機上的圖案，柯南和沖矢幾乎在同一時間明白這是急救用的摩斯密碼，而投紙飛機的人想傳達的則是緊急求救的信息，之后，小蘭將其他兩只紙飛機發到新一的手機上，將這三個帶有暗號的紙飛機串聯在一起，新一推斷出被綁架的人就是電視上成日報道的代田社長以及他所在的地點，得知這些以后，小蘭不顧自己的安危沖進了綁匪的據點。