"清乾隆年間，國泰民安，堪稱盛世，一日紫禁城內，花團錦簇；太和殿上，張燈結彩，一派喜氣洋洋的熱鬧景象。當朝天子愛新覺羅.弘歷率王公大臣奉功和慶，恭賀自己的母親皇太后六十大壽。向以阿諛逢迎為能事的文華殿大學士、戶部尚書和急忙獻上一幅綴有一百零八粒珍珠的壽屏，大肆獻媚；而性情狷介、剛直不阿、以當朝第一才子聞名于世的禮部侍 郎、大學士紀曉嵐卻僅以素紙一張和他犀利機智的才情反襯出和的嘩眾取寵，并贏得太后、皇上和文開百官的敬重。 皇上奶娘病重，留下半片金鎖和“你是漢人”“白娘子”等只言半語即棄世。滿腹疑竇的皇上欲解身世之謎，微服來到正在上演《白娘子》的戲園，與女主角杜小月相識，并自稱“許仙”。 俠女莫愁為保護一冊帳簿被官兵抓捕，其義妹戲班臺柱杜小月十分欽佩向以為民請命為己任的紀曉嵐紀大人，女扮男裝冒死為莫愁伸冤，不想二人的接觸及種種努力奔走均被生性貪財、惟恐東窗事發的和派人跟蹤，他施以離間計，使上月被捕并對紀曉嵐的“出賣”行為深為痛恨。

一輪明月當空照，客居異鄉不能眠。洪霞轉軸撥弦，旨出一曲曼妙、幽雅的樂曲。吸引著金三爺等出來傾聽。逡巡的腳步聲驚動了小月，她蒙面出來，認出了三人。以出謎語，邀猜中者上樓聽小姐撫琴為理由，與紀曉嵐趕緊商量下一步的策略。 紀曉嵐要小月、洪霞攜皇上的那把折扇速往曲陽，或可救其父洪御史于危難之中，洪姑娘亦將玉墜送與紀大人作紀念。 “金三爺”、“紀老大”、“和二”一路上嘻嘻哈哈、打打鬧鬧、別別扭扭，倒也樂在其中。短短幾日，皇上自覺增長了見識，開闊了視野，同時也體味了幾分普通百姓的甘苦。 因折扇在洪霞手中，尚榮略有顧忌。不敢殺人滅口。轉念一想，紀曉嵐必定在用別的什么扇子作“尚方寶劍”的替代品，正可告他一個欺君大罪。 洪御史被罰在一采石場服苦股，小月、洪霞著妝打扮，混了進去。與此同時，尚榮亦領大隊人馬火速直奔石料場。

原甘肅番臺王廷贊是紀曉嵐揭露“監糧”案內幕盯上的第一個目標，不想此人滴水不露，圓滑至極。紀曉嵐受一街頭雜耍藝人的啟發，邀其模仿王旦望的聲音與紀對話，躲在書房的王廷贊聽到原先與自己串通口徑的上司無情的出賣自己，在為憤恨，不識中了離間計一五一十向紀曉嵐告發了許多實情。并積極地獻計獻策。紀曉嵐輕而易舉便得到了極為復雜，隱秘的細節。 王旦望要派心腹沈師爺，對王廷贊軟硬兼施，誘其翻供。同時亦決定利用皇上對其才智出眾的義女的特殊好感，作為自己在這場特殊較量中取勝的籌碼。卿憐想念其早年救自己于煙花柳巷，表示愿為之赴湯蹈火。 卿憐貌美如花，才思敏捷，給圣上所出的一副難度極大的對聯對出了下聯，贏得眾從青睞。 因王廷贊出爾反爾，皇上假意申飭紀曉嵐辦案不利，發配他遠赴西域，實則是不滿前期而至的和貪功冒進，出師不利，特派紀曉嵐到那里取而代之，蘇卿憐替父送行，因敬重紀曉嵐的為人和學問，以一荷包相贈。

小月望著一片廢墟、傷心之極。從小春口中得知紀曉嵐等已從暗道逃走，小月破涕為笑。乾隆向百官念叨缺少銀兩以備軍需，紀曉嵐帶領著工匠出現，許諾可以幫乾隆解決難題。人證、物證俱在，齊蘇圖只得低頭認罪。銀妃以死要挾乾隆放過齊家。見乾隆不為所動，銀妃自盡。和珅為了擴大自己在朝中的勢力，暗中支持村夫李二組織邪教，從而謠言惑眾，籠絡人心。一時之間，朝廷內外盡是李二的信徒。工部因大做法事導致衙門失火。和珅答應撥款給工部金尚書以重修工部衙門。御史海升之妻組氏參加了當日作法，海升將失火原因告知了紀曉嵐。和珅同黨吳省蘭將作法用書《佛法心經》奉與皇上，并夸口只要通讀此書，便可百病不侵。和珅不失時機地推薦吳省蘭任左都御史。乾隆以紀曉嵐著成《四庫全書》為由，指派他上任左都御史，并對其寄予厚望。紀曉嵐上任之時，和珅的黨羽劉構傲慢無禮地當眾打坐，向紀曉嵐挑釁。紀曉嵐覺察出邪教實力強大，決定剝繭抽絲，調查到底。

紀曉嵐與和聯手派人護送御醫呂長安安在回京，這對多年來的冤家對頭即使在相互合作時也不忘反唇相譏，彼此嘲謔。 從呂長安之口，眾人才知四姑娘與十四王爺乃是藥方奇案的罪魁禍首，眼前紙包不住火，陰險毒辣的十四王爺決定丟卒保車，要四姑娘刺殺紀曉嵐后再自殺，以消滅罪跡，眼見自己忠心耿耿追隨的人竟如此冷酷無情，四姑娘徹底絕望，將一劑毒藥一飲而盡。 紫禁城內，皇上召見文武百官，和得意洋洋肆意表功，紀曉嵐巧設圈套，使和、福康安挪用貢品的不義之舉和此后協助自己調查藥方密案的合作之功一一道出，搞得二人一驚一乍。 十四王爺應召入宮見駕，藥方奇案終于到了真相大白的時候。