隔壁班的女生百合子找到少年偵探團(tuán)，拜托他們解開她從未謀面的曾祖父所留下的謎題，于是，大家在一位身份不明自稱是時(shí)鐘的男人的帶領(lǐng)下來(lái)到了謎題的所在——天使之館，當(dāng)晚九點(diǎn)，解謎游戲正式開始，元太和光彥、步美和灰原都在別館的不同地方發(fā)現(xiàn)了謎題中的無(wú)角牛，可是卻沒(méi)有更進(jìn)一步的發(fā)現(xiàn)。次日，柯南從另外一個(gè)角度思考謎面，并成功找到了第一個(gè)線索，沒(méi)想到這時(shí)卻……

柯南、步美等人從博士家里找到了一封四十年前來(lái)自博士初戀情人的信，信上除了說(shuō)每十年在回憶的地點(diǎn)見(jiàn)面之外，還留下了一串像是暗示地點(diǎn)的數(shù)字，而今天剛好是四十年后的相約之日。經(jīng)過(guò)推理，他們一行人來(lái)到動(dòng)物園，將信上的數(shù)字與動(dòng)物入園的順序相結(jié)合，他們找到了飛鼠館，而正巧在他們的面前站著一位女性，她會(huì)是阿笠博士的初戀嗎？

當(dāng)阿笠博士滿懷期待得走向那位女性時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)這個(gè)人竟然是男扮女裝而且還是自己的舊識(shí)，再次認(rèn)錯(cuò)人不禁讓這群孩子們大失所望，于是大家決定利用動(dòng)物園的廣播站尋人，可依舊沒(méi)有回應(yīng)，難道博士又要與自己的初戀情人擦肩而過(guò)？這時(shí)，博士的回憶隱約浮現(xiàn)，柯南根據(jù)博士的說(shuō)辭，破解暗號(hào)，來(lái)到了相約之地……

小五郎在樓下喝咖啡時(shí)，看服務(wù)員祥子心事重重的樣子，詢問(wèn)得知，一個(gè)一直給她發(fā)MAIL的小男孩小滿，今天突然給她發(fā)了四封奇怪的訊息，想到小滿可能遇到危險(xiǎn)，大家都十分擔(dān)心，可當(dāng)務(wù)之急是確定小滿的位置，根據(jù)祥子提供的線索，柯南把目標(biāo)鎖定在中洗、久更津和枯前崎三個(gè)地方，但打電話過(guò)去詢問(wèn)卻并未查到他們的蹤跡，小滿到底出了什么事情？

小五郎和柯南在租賃衣服的地方遇到了三個(gè)準(zhǔn)備參加化妝派對(duì)的年輕人，在他們盛裝打扮準(zhǔn)備去主辦人主編那里之前，還收到了一封主編打扮成小丑模樣的mail。只是誰(shuí)也沒(méi)想到，當(dāng)他們到達(dá)主編家后，卻發(fā)現(xiàn)主編橫尸家中，最可疑的就是曾來(lái)這里偷盜的小偷，可他卻說(shuō)自己來(lái)的時(shí)候，人就已經(jīng)死掉了，柯南認(rèn)為還有一些地方無(wú)法合理解釋，于是他獨(dú)自調(diào)查，并在陽(yáng)臺(tái)發(fā)現(xiàn)了人造毛發(fā)，這么說(shuō)，兇手應(yīng)該就是那個(gè)人。