園子的叔叔次郎吉因?yàn)樽ゲ坏交露肇瑝?mèng)纏身，于是，他再次策劃了基德抓捕計(jì)劃，這次他以寶石涼鞋“紫色指甲”為誘餌，并將展示臺(tái)設(shè)在基德不能使用滑翔翼的銀座正中央地面上，在粉絲們的期待下基德出現(xiàn)并成功拿到寶石，就在這時(shí)，四個(gè)路口被巨大的網(wǎng)子隔開，猶如籠中鳥的基德從容不迫，放出煙霧后瞬間移動(dòng)到了30公尺高的大樓，因?yàn)槠渲幸活w寶石是贗品，于是他宣布自己次日還會(huì)再來。

小林老師在圖書館里發(fā)現(xiàn)了一個(gè)牛皮錢包，那里放了小學(xué)一年級(jí)時(shí)小蘭留的字條。事情追溯到十年前，為證實(shí)謠言的真假，小蘭和新一夜訪校園，不想?yún)s在學(xué)校圖書館遇到了一個(gè)自稱是新一弟弟的神秘男子，他向新一發(fā)出挑戰(zhàn)并在留下了一個(gè)裝有暗號(hào)的牛皮錢包后離開。于是，新一和小蘭二人就在阿笠博士的幫助下展開了解謎暗號(hào)的尋寶之旅！

小五郎受浦生良造的委托幫忙找能夠證明他清白的目擊證人，本以為小事一樁，沒想到出乎意料的困難。幾日之后，浦生良造的遺體被人發(fā)現(xiàn)，因?yàn)槲迥昵八羞^含冤被抓的經(jīng)歷，因此不愿再次承受這樣痛苦的他選擇了自殺，然而，小五郎認(rèn)為這是一起他殺事件，于是他聯(lián)手老友竹岡一起調(diào)查。之后，他們找到了死者的外甥京介并將他鎖定為嫌疑人，可是次日京介就死在了家里，與此同時(shí)也找到了他的不在場(chǎng)證明，小五郎認(rèn)為這都是自己所造成的結(jié)果，于是決定摘掉事務(wù)所的招牌。

就在媒體哄作一團(tuán)采訪及川的時(shí)候，柯南獨(dú)自展開了調(diào)查，他從守畫室的門衛(wèi)那里得知了及川在案發(fā)前的小動(dòng)作，之后又在屋后發(fā)現(xiàn)了釣魚線，受到高木警官魔術(shù)的啟示，柯南破解了兇手的作案手法同時(shí)也得知了《青嵐》的所在，他利用老方法將小五郎麻醉并重現(xiàn)案發(fā)時(shí)的場(chǎng)景，最終將犯人繩之以法。案件了結(jié)以后，柯南雖戳破基德的偽裝，但這次他能抓到基德嗎？

FBI的所有警員立刻將送至各個(gè)病房的炸彈進(jìn)行回收，就在這時(shí)，水無憐奈出現(xiàn)在電視上，為一探究竟，所有搜查員都聚集到水無憐奈的病房，卻發(fā)現(xiàn)她好好的躺在那里，而這其實(shí)才是黑暗組織的目的，他們?cè)谡◤椛线€安裝了發(fā)訊器，這樣一來水無憐奈的位置一目了然。既然已經(jīng)暴露，那就只能立刻將她轉(zhuǎn)移，為混淆視聽，F(xiàn)BI派出了三輛車，但即便如此今恩還是做出了判斷。