柯南和伙伴們去美術館時撿到了一張畫有奇怪符號的紙，大家自行成立少年偵探團去調查這些暗號，按照符號的指示先到達東京塔，在周圍展開偵查卻一無所獲，休息的時候步美的新發現為柯南找到破解暗號的出口，大家一路尋找從東京鐵塔到南部水族館的標記，然而，事情并非那樣順利，柯南能破解暗號嗎？暗中跟蹤少年偵探團的黑衣人又是誰？

毛利蘭在網咖與委托人水谷雪乃視訊，雪乃表示遭到男友久保健介家暴與跟蹤，因為不知所措，所以找毛利小五郎商量。不過由於小五郎跑去看偶像演唱會，所以今天只好由小蘭跟她視訊連線。可是就在兩人連線途中，突然聽到用力敲門的聲音。雖然小蘭一直勸雪乃不要開門，可是雪乃還是受不了去開了門，後來雪乃從畫面中消失，只聽到她的求救尖叫聲。很擔心的小蘭馬上找新一到雪乃的公寓去，可是在那里卻只看到雪乃的血跡...

這天小五郎把打同樣喜歡麻將的肥田叫出來打麻將，可左等右等肥田都沒出現，于是決定到肥田的金融公司去看個究竟。當他們到達肥田的住所時卻發現肥田已經死亡！在詢問死者習慣的時得知肥田有把錢弄成扇形并舔手指數錢的習慣，而小五郎根據這個判斷兇手就是飯野。但在勘察現場之后柯南推理出犯人并不是飯野而是另有其人。最終在鐵證面前兇手承認了自己的罪行。

柯南去體育俱樂部館參觀時，正巧看到水上運動的西條、成瀨和木島發生爭執的一幕，而體育俱樂部負責人佐伯和跳水代表西條也存在著某些不愉快。當晚，小五郎接到目暮警官的電話說西條死亡，因為沒找到什么有用的線索，警方準備以意外死亡結案，可是柯南注意到這是件謀殺案，柯南找到目擊證人并從他的繪畫中看透事情的真相，兇手一定就是那個人。

來到第4個房間，日期顯示的是小五郎策劃的一次婚禮的時間。這天，小五郎的朋友本木結婚，由小五郎策劃婚禮。新一被小五郎“聘用”為助理。新一在“工作”中發現本木與一個叫做娜娜的女生有外遇。在婚禮現場，新人收到了一個名為“偷吃我就殺了你”的祝福郵件，新一能保護好大家嗎？