經(jīng)過調(diào)查警方并未在拉面里發(fā)現(xiàn)毒物反應(yīng)，反而在被害者的衣服內(nèi)側(cè)以及他隨身攜帶的物品中發(fā)現(xiàn)毒物，據(jù)拉面店老板說這也可能是西津打算逼走他們而準(zhǔn)備放在拉面里的毒藥，不想?yún)s害死自己的意外事故，這種說法得到了目暮警官的認(rèn)可，就在他準(zhǔn)備以自殺或意外結(jié)案的時候，暗中觀察而看透真相的柯南將小五郎麻醉道出真相。

小五郎一大早便被少年偵探團(tuán)纏上，他們委托小五郎調(diào)查的案件是米花町活動中心的花圃破壞事件，而在調(diào)查過程中與山崎小姐發(fā)生爭執(zhí)的花店老板奧田態(tài)度非常惡劣，因?yàn)樾D小姐的緣故小五郎決定介入調(diào)查。當(dāng)眾人晚上再次來到活動中心時花圃已經(jīng)遭到了破壞，在破壞的花圃旁還看見了山崎小姐的尸體，奧田被當(dāng)場抓住，但事件的真相到底是什么呢？

來到熊本阿蘇火山旅行的柯南等人不幸卷入了事件，盜取熊紋食品機(jī)密資料的犯罪嫌疑人試圖取回贖金時被步美打斷，藏有機(jī)密隨身碟的熊本熊玩偶陰差陽錯到了小男孩賈斯丁手中，與賈斯丁有過一面之緣的柯南等人好不容易才找到了他的線索，但卻被犯人搶先了一步，現(xiàn)在丟失的不只是機(jī)密文件，連同賈斯丁也被綁架了。

在小蘭做出大膽舉動的同時新一也開始了推理，當(dāng)沢栗熏得知最后離開妹妹房間的人是光井后，便將槍口指向她，但新一卻說兇手不是她，緊接著他說起了死者的成名推理作品，將沢栗未紅與書中主人公的命運(yùn)向聯(lián)系，正是這種亦真亦幻的錯覺導(dǎo)致她自殺死亡，聽到新一這樣的推理，沢栗熏難以接受，就在他精神崩潰之時，警察沖進(jìn)來將他制服，雖然最大的威脅解除，但這起案件并未結(jié)束。

在園子的邀請下，柯南、小蘭隨她一起前往杯戶飯店享用“蛋糕吃到飽”，然而在搭公車的途中他們遇到了一位截拳道高手，這位與小蘭勢均力敵的對手到底是什么人？到了杯戶飯店后，得知蛋糕吃到飽餐廳已經(jīng)截止入場的小蘭和園子大失所望，這時，突然傳來尖叫聲，有一名男子從高處墜樓身亡，目擊人晝川表示樓頂有人影閃過，但當(dāng)柯南趕到樓頂時卻只發(fā)現(xiàn)了外套和鞋子。