放課后，小林老師神神秘秘的讓同學(xué)們都離開(kāi)教室，待大家午餐完畢返回教室，卻發(fā)現(xiàn)黑板上留有一張“怪人二百面相”的字條，柯南一眼就看穿了這個(gè)江戶(hù)川亂步迷老師的意圖，之后，同學(xué)們又紛紛從自己的抽屜里找到了數(shù)字和篩子的圖紙，柯南輕松看出暗號(hào)的所指，就在他要揭秘時(shí)卻被廣播叫走，解謎的重任就交給了1年B班所有同學(xué)，沒(méi)有柯南的幫助，他們能否解開(kāi)暗號(hào)找到老師呢？

東西南北四個(gè)代表簡(jiǎn)單做了自我介紹以后，就各自回房休息，吃飯的時(shí)候卻發(fā)現(xiàn)導(dǎo)播被人綁在形如密室的房間內(nèi)，所幸生命沒(méi)有受到威脅，就在大伙兒忙著尋找線索時(shí)，照顧他們起居的甲谷突然說(shuō)這是比賽的第一題，北部代表越水七規(guī)承諾一小時(shí)之后就能重現(xiàn)密室手法，等待期間南部代表時(shí)津潤(rùn)哉說(shuō)起了一年前的薰衣草殺人事件。時(shí)間一點(diǎn)點(diǎn)過(guò)去，越水遲遲不現(xiàn)身，待大家趕到時(shí)，他已死在了密室中。

沒(méi)過(guò)多久，綁匪就打來(lái)電話威脅柯南他們盡快找到寶藏，不然難保灰原他們安全。人命關(guān)天，柯南絞盡腦汁想要破解暗號(hào)，他發(fā)現(xiàn)萩市地圖與貓圖相吻合，而貓眼的地方就是線索的所在，于是，他們來(lái)到了円政寺，并在這里找到了日記中被撕掉的一頁(yè)，柯南將這些零散的圖片拼接成一條路線，大伙兒照此地圖找到了一個(gè)地下山洞，就在寶物將要到手之時(shí)，黑衣人綁匪出現(xiàn)……

步美發(fā)現(xiàn)圖書(shū)館的書(shū)被人撕掉了一頁(yè)，氣憤的她決定找出“元兇”，根據(jù)借書(shū)卡的記載，柯南和步美找到了內(nèi)藤司，可他今天卻沒(méi)上課，與此同時(shí)，學(xué)校的巖石標(biāo)本也人被偷偷走，柯南認(rèn)為這可能是司所為，于是找到了他家，在查看了司的房間后，他們發(fā)現(xiàn)了一張寫(xiě)有暗號(hào)的字條，少年偵探團(tuán)集結(jié)智慧，終于在大濱海灘找到了想要喚回逝去母親的司。

工藤收到屋田誠(chéng)人的信，信上說(shuō)他一年前辦的案子有差錯(cuò)讓他重新調(diào)查，于是，在服部、小五郎等人的陪伴下他們一起前往那個(gè)村莊。柯南只身來(lái)到了信上所說(shuō)的地址，不想被關(guān)進(jìn)了小木屋，就在這時(shí)，他因?yàn)檎`食解藥的身體開(kāi)始發(fā)生變化，逃脫期間掉進(jìn)了旁邊的湖里，被人發(fā)現(xiàn)時(shí)他已經(jīng)失去記憶。為了讓他想起過(guò)去，服部一行帶著新一來(lái)到了當(dāng)時(shí)的案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)日源村長(zhǎng)家，并在這里碰見(jiàn)了記者河內(nèi)深里以及屋田誠(chéng)人的同學(xué)水川萌生。