白鳥(niǎo)警官的車突然發(fā)生爆炸，所幸他并沒(méi)有當(dāng)場(chǎng)死亡而是被立馬送去了醫(yī)院，在他的手中，佐藤警官還發(fā)現(xiàn)一封和三年前相似風(fēng)格的挑戰(zhàn)書(shū)，為了尋找炸彈，警察在慌亂中展開(kāi)調(diào)查，柯南也從佐藤警官那里得知了，這個(gè)爆炸狂與警察的淵源，七年前警察和兩名歹徒產(chǎn)生了誤會(huì)，而導(dǎo)致其中一人出車禍死亡，于是這名活下來(lái)的歹徒便安放炸彈報(bào)復(fù)警察。

小五郎受到一出推理劇的邀請(qǐng)負(fù)責(zé)前言部分的講解，巧合的是他在這里與他的國(guó)中同學(xué)，當(dāng)前的大明星雨城瑠璃再度重逢。片場(chǎng)的偵探演員風(fēng)見(jiàn)良輝，總是惡語(yǔ)傷人，把每一個(gè)人都搞的很不愉快，于是，導(dǎo)演建議大家先休息三十分鐘，此時(shí)正好下起了大雪，瑠璃邀請(qǐng)大家外出賞雪，可是沒(méi)過(guò)一會(huì)兒，別墅內(nèi)傳出了瑠璃驚恐的尖叫，柯南等人急忙趕去，看到的卻是倒在血泊里的風(fēng)見(jiàn)，警方趕來(lái)后對(duì)波原霞、南云曉、南云伸晴和雨城瑠璃這四名最有嫌疑的人進(jìn)行了搜查，然而卻并未發(fā)現(xiàn)兇器。

柯南和阿笠博士從板倉(cāng)的日記磁片中果然找到了他與黑暗組織接觸過(guò)的線索，這讓柯南興奮不已，于是兩人立馬趕往板倉(cāng)的別墅，企圖找到板倉(cāng)所開(kāi)發(fā)的系統(tǒng)軟體和黑衣組織發(fā)來(lái)的郵件，然而，讓他們沒(méi)想到的是，郵件竟然有密碼，如果在一定時(shí)間內(nèi)沒(méi)有打開(kāi)，郵件將自動(dòng)刪除，而這將引起黑衣組織的懷疑，這時(shí)，屋內(nèi)的電話響起，從另一邊傳來(lái)沃克質(zhì)疑的聲音，柯南和阿笠博士該如何應(yīng)對(duì)？

帝丹高中最近發(fā)生了不可思議的靈異事件，小蘭本想拜托小五郎調(diào)查卻被拒絕，所以由柯南出馬破解校園靈異事件之謎。期間，小蘭他們還遇到新出醫(yī)生，于是一行人在園子的帶領(lǐng)下首先來(lái)到了體育館，這里曾莫名的出現(xiàn)了兩年前就已死去的保坂的書(shū)桌，接著又來(lái)到了詭異的圖書(shū)館和導(dǎo)致保坂死去的樓梯，經(jīng)過(guò)一圈查看，柯南已大致明白，就在這時(shí)，操場(chǎng)中間突然出現(xiàn)了保坂的書(shū)桌……

小五郎帶著小蘭和少年偵探團(tuán)的孩子們來(lái)到被稱為地球遺產(chǎn)的人造木屋的集落·鬼澤鄉(xiāng)去觀光。這個(gè)村莊里最近流傳著小孩幽靈的傳言。而到了夜里，柯南他們?yōu)榱舜_認(rèn)幽靈而出去散步的時(shí)候，步美卻和少女幽靈相遇了暈了過(guò)去！而對(duì)于步美的發(fā)現(xiàn)村子里的人卻極力否認(rèn)，到底是幽靈少女還是真有其人？