受園子的邀請，柯南、蘭、小五郎到輕井澤游玩。因?yàn)樵谏种忻粤寺罚詻Q定在山里的一軒家借宿。在那里，遇見了白天見到的網(wǎng)球教練明石寬人。但是，夜里，卻發(fā)現(xiàn)了寬人的父親巖夫上吊的尸首。在柯南的提示下，警官也發(fā)現(xiàn)從尸體嘴里留下的不正常血跡。之后眾人還得知了石明三年前妻子去世的事情。而明石身上的疑團(tuán)也越來越多。

在電梯邊被殺的中條寫下暗號『○×△』。還有一個文字是在殺害現(xiàn)場的電梯踏板邊的『□』。柯南從英語老師朱蒂的話中得到啟發(fā)，在調(diào)查死者的工作場所之后發(fā)現(xiàn)碎紙機(jī)的存在從而推理出死亡信息的真實(shí)意義。原來死亡信息很像是文字的部分，像記號般的文字。而在對照目暮警官拿著嫌疑犯的名單之后很快找到了兇手！

如果電話一直沒人接，黑暗組織必將有所行動，于是柯南拿起電話利用變聲領(lǐng)結(jié)和沃克商量交易的時間和地點(diǎn)，將交易時間提前之后，阿笠博士和柯南立刻開車返回東京，不料車子居然爆胎，就在這時，路上駛來一輛車，搭上順車的柯南發(fā)現(xiàn)車?yán)锏囊荒幸慌苁枪殴郑伤菩侣劺锼f的珠寶大盜，途中，他們還遇到了群馬縣警察臨時檢查，不過柯南并沒有揭穿他們，難道柯南就這樣讓他們逃脫警方的追捕逍遙法外？

藤枝干雄收到暗殺的威脅，為了阻止暗殺找來了小五郎，而委托的酬勞竟然是1千萬日元！但在事件解決之前小五郎居然用掉了五百萬日元，之后因?yàn)闊o力阻止暗殺，最終分居中的妻子妃英理代替他去了委托人那里。而同時到達(dá)那里的還有柯南的母親工藤有希子！而此時通過監(jiān)視器眾人發(fā)現(xiàn)獨(dú)自在房間里的藤枝竟然倒地不起！沖過去之后發(fā)現(xiàn)藤枝干雄已經(jīng)死亡。

在從伊豆回來的路上，因?yàn)樾∥謇傻能囎映隽斯收希履系热私枳URON健康器具公司的山莊。而此時，山莊里的3人正在新制品藥物社內(nèi)研究的關(guān)鍵時刻。第三開發(fā)部部長平松正樹的制品馬上就要被采用了，然而社長梅谷四郎被刀刺傷，并平松也遭遇車禍身亡。看似事故的現(xiàn)場柯南卻有著不一樣的看法。