阿笠博士以少年偵探團(tuán)為對(duì)象進(jìn)行了一場尋寶之旅，舞臺(tái)就是阿笠博士的叔叔住的一個(gè)別墅，但在他叔叔過世的50年來，這棟本不該有人進(jìn)出的別墅卻發(fā)現(xiàn)有人來過的痕跡，他們還找到了一系列由月亮、星星和太陽組成的古怪暗號(hào)，連博士事先藏好的玩具也被人用刀劃壞，這幢別墅一定暗藏玄機(jī)。

小五郎曾教過的學(xué)生崎園惠在自己的娘家碰到了一起車子被人安裝炸彈而被引爆的案件，在爆炸中喪命的人是小惠的妹妹寬美，她在代替不會(huì)倒車的姐姐小惠倒車出庫的時(shí)候慘遭意外，警方一開始懷疑嫌犯是個(gè)叫高橋的人，認(rèn)為這個(gè)人和小惠的先生和夫共同籌劃了交換殺人計(jì)劃，原本企圖殺害小惠，沒想到卻誤殺了寬美，就在他們俯首認(rèn)罪，事情告一段落的時(shí)候，柯南注意到了小惠。

金恩離開酒窖后，躲在煙囪中的灰原則依靠她變大的身體，爬到屋頂，然而剛給博士報(bào)完平安，她的身后就響起了槍聲，原來在酒窖里的時(shí)候金恩就發(fā)現(xiàn)了她。而另一邊，柯南也得知了殺害吞口重彥的兇手，也就是代號(hào)匹斯可的真實(shí)身份，在調(diào)查清楚灰原所在的位置后，柯南飛速趕到，就在金恩準(zhǔn)備射殺灰原時(shí)，柯南向金恩發(fā)射了一枚麻醉針，灰原趁機(jī)從煙囪返回酒窖，豈料待她蘇醒過來匹斯可已出現(xiàn)在她的面前……

就在警方焦頭爛額的想暗號(hào)含義時(shí)，遠(yuǎn)在大阪的服部給出版社打來電話說自己已經(jīng)破解暗號(hào)即就是「請(qǐng)快點(diǎn)救我」，但接下來的信息卻難以用同樣的方法讀取。柯南看著這些文字也無計(jì)可施，然而別人的對(duì)話卻突然點(diǎn)醒了他，他以另外一種方法解讀出作者的所在和目前的狀態(tài)后，便引導(dǎo)警方和小五郎發(fā)現(xiàn)了其中隱藏的信息，但當(dāng)大家趕到任太朗的所在地時(shí)，卻并沒有發(fā)現(xiàn)任何歹徒……

原來這名行跡可疑的女士是柯南的媽媽有希子，她將此行的目的告訴柯南后，大家就一起聚到休息室聽小五郎的推理，期間，警察在隧道里淺間的尸體上發(fā)現(xiàn)了膠帶碎片，突然靈光一現(xiàn)，柯南知道了誰是兇手以及他的犯案手法，卻苦于沒有證據(jù)，按照小說的劇情，柯南還有被殺的可能，苦惱之時(shí)，有希子提議干脆將計(jì)就計(jì)讓兇手自己現(xiàn)身，于是一場揪出兇手的好戲上演。