和柯南推測(cè)的一樣，17年前殺害羽田浩司的兇手就是那個(gè)從現(xiàn)場(chǎng)消失的名叫淺香的保鏢，其真實(shí)身份是黑暗組織的二把手朗姆，除了這些從羽田的死亡訊息中得到的線索外柯南一籌莫展。就在柯南思索的時(shí)候聽到了電視臺(tái)打給毛利小五郎的電話，號(hào)稱靈魂偵探的堀田打算破解羽田浩司的案件，但當(dāng)柯南和小五郎趕到指定賓館時(shí)又一起兇殺案發(fā)生了。

毛利小五郎受久須美工械廠社長(zhǎng)的委托，調(diào)查工廠零部件被偷的案件，為了不引起職員的警惕，柯南和小蘭也一同隨行假裝參觀。在對(duì)職員們暗中調(diào)查后，行為怪異的谷崎成為毛利小五郎的懷疑對(duì)象，三人計(jì)劃在倉庫抓住罪犯的現(xiàn)行，不料卻發(fā)現(xiàn)谷崎死在了反鎖的房間里。正當(dāng)案件一籌莫展時(shí)，谷崎生前研究的老鼠機(jī)器人引起了柯南的注意。

17年前日本將棋四冠王羽田浩司遇襲案讓柯南非常在意，和他同日遇害的還有同一酒店的美國(guó)資本家阿曼達(dá)，柯南和灰原推測(cè)這是組織所為，但羽田浩司遇害時(shí)的房間卻不像是組織的一貫風(fēng)格。地產(chǎn)公司社長(zhǎng)被害時(shí)手里拿著阿笠博士發(fā)明的剪刀，目暮警官請(qǐng)阿笠博士來說明剪刀的用途看是否能為破案提供幫助，柯南注意到這次的案件卻與17年前羽田浩司遇害案非常相似。

走在櫻花盛開的小道上小蘭不由得想起了與新一的初次相遇，那還是在上幼稚園的時(shí)候。急忙趕去上班的小五郎不小心踩壞了小蘭的櫻花名牌，英理只能先給女兒用紙做了一塊名牌應(yīng)急，但小蘭卻因?yàn)檫@塊名牌受到其他小朋友的譏諷，同樣是櫻花班的新一稱自己也丟了名牌，他要求小蘭也為自己做一個(gè)。

平次參加了全國(guó)高中生劍道大賽，他在個(gè)人賽中獲得了優(yōu)異的成績(jī)，他決心打敗對(duì)手沖田然后向和葉告白。但是事情進(jìn)展的并不順利，中場(chǎng)休息時(shí)場(chǎng)外發(fā)生了一起兇殺案。裁判拔谷士道在室外廁所旁被殺害，兇手穿著京都泉心高中的劍道護(hù)具，現(xiàn)場(chǎng)沒有目擊者，只有一位雙目失明的老人聽到了聲響。