參加網(wǎng)球比賽的柯南他們來到熊本縣。市內(nèi)觀光的途中，園子撿到一部手機(jī)。手機(jī)的畫面上是“想要遇見那個(gè)孩子”的短信。園子與小蘭得到與園子同名女子的戀人的幫助，帶著手機(jī)出現(xiàn)在咖啡店。小蘭無意中聽到兩人的危險(xiǎn)談話被綁架，而在小蘭打來的電話中柯南他們開始進(jìn)行調(diào)查決心已定要組織這場(chǎng)謀殺！

柯南和阿笠博士從板倉(cāng)的日記磁片中果然找到了他與黑暗組織接觸過的線索，這讓柯南興奮不已，于是兩人立馬趕往板倉(cāng)的別墅，企圖找到板倉(cāng)所開發(fā)的系統(tǒng)軟體和黑衣組織發(fā)來的郵件，然而，讓他們沒想到的是，郵件竟然有密碼，如果在一定時(shí)間內(nèi)沒有打開，郵件將自動(dòng)刪除，而這將引起黑衣組織的懷疑，這時(shí)，屋內(nèi)的電話響起，從另一邊傳來沃克質(zhì)疑的聲音，柯南和阿笠博士該如何應(yīng)對(duì)？

之后，新一又對(duì)舞臺(tái)重新進(jìn)行調(diào)查，并注意到了舞臺(tái)的活動(dòng)機(jī)關(guān)，如果利用這個(gè)的話兇手及其犯案手法都不難推斷，他將事情的真相告訴有希子，由她揭穿兇手，然而，在兇手被警方帶走前卻說了一句讓小蘭很介意的話。案子結(jié)束后，小蘭不小心弄丟了莎朗送給她的手帕，沒想到兩人找手帕的時(shí)候遇到了……

終于到了正式盜取“藍(lán)色奇跡”這一天，鈴木博物館附近被人圍的水泄不通，而且次郎吉也加派了更多的直升機(jī)，柯南在樓頂?shù)却鲁霈F(xiàn)的時(shí)候發(fā)現(xiàn)樓上有兩道新的刮痕，這時(shí)，基德如約而至，雖然突降大雨但這絲毫沒有造成任何影響，看著基德一步步接近寶石，次郎吉卻淡定的說自己早有防備，他到底有何計(jì)劃？基德能否成功盜取寶石并順利脫身？柯南又會(huì)有什么樣的行動(dòng)？

警察雖然推斷巖夫是自殺，但柯南卻發(fā)現(xiàn)了眾多的疑點(diǎn)。而從尸體嘴里流血的事實(shí)，燈繩上可疑的繩結(jié)和小蘭的敘述中柯南最終推理出了犯人的犯罪手法。但是，就在柯南要揭露兇手的關(guān)鍵時(shí)刻卻因?yàn)楦忻安荒馨l(fā)聲了！沒有其他辦法，柯南通過不斷的比劃的猜謎來引導(dǎo)眾人來尋找兇手的線索，最終犯人的身份揭曉。而兇手也承認(rèn)因?yàn)槠拮拥挠龊Χ鴼⑺辣缓φ叩氖聦?shí)。