晚到的杰拉爾·天馬被劍殺死，和天馬有過爭吵的加那善成為了頭號(hào)嫌疑人。柯南則在勘察現(xiàn)場的時(shí)候發(fā)現(xiàn)窗臺(tái)上不自然的痕跡，而鋼琴上奇怪的東西也吸引了柯南的注意，最終柯南揭穿了像謎一樣的人物的真面目同時(shí)也解開了殺害天馬的兇手所用的犯罪手法。在鐵證面前兇手最終承認(rèn)了自己的罪行并說出了殺人動(dòng)機(jī)。

小蘭發(fā)現(xiàn)“影秋村”的村長船木也被殺害。柯南發(fā)現(xiàn)矢部賬戶每月固定打入的匯款，在詢問了駒井關(guān)于7年的事故之后確定了這次的殺人事件與七年前BONNET公交車發(fā)生的事故有關(guān)。在拜托教授調(diào)查了事故之后柯南發(fā)現(xiàn)兇手的身份并發(fā)現(xiàn)兇手欲重演悲劇，他獨(dú)自登上觀光車與犯人對(duì)峙阻止了悲劇的發(fā)生。

小五郎等人在去海豚樂園的路上，遇到了幾位正在進(jìn)行大學(xué)同學(xué)聚會(huì)的女子。為了接另一位大學(xué)同學(xué)，他們一起前往海豚樂園飯店卻意外發(fā)現(xiàn)她們等待已久的藤村直美被殺害了。經(jīng)過調(diào)查之后柯南確認(rèn)了兇手的身份并向大家演示了兇手利用雪糕的犯罪手法。再自己留下的證據(jù)面前，兇手最終承認(rèn)了罪行。

打算盜取鈴木財(cái)閥家的黑珍珠BLACK STAR的怪盜基德，想起了以前關(guān)于鐘臺(tái)的一個(gè)事件，那是工藤新一和怪盜基德的第一次交手。另一方面，小五郎的事務(wù)所里收到一封附有支票的不明發(fā)信人的信函，并且在其上方還有一行奇怪的話語。

茂木認(rèn)為小五郎是兇手而開槍將他射傷，當(dāng)前來“黃昏別館”的所有名偵探都命喪黃泉時(shí)，電腦上居然出現(xiàn)了一行關(guān)于寶藏的信息，一直躲在監(jiān)視器操控室的神秘幕后黑手終于按捺不住露出了真面目，沒想到這個(gè)人居然是……柯南引導(dǎo)她說出了整件事的真相，而這時(shí)，本應(yīng)死去的偵探們居然都出現(xiàn)在門口，可到底是怎么回事？這棟別墅的寶藏又是什么？