作為青色古堡的探險(xiǎn)事件的參考人，阿笠博士和少年偵探團(tuán)的各位被叫到了警視廳。隨后2億元搶劫事件的受害人東都銀行的增尾行長(zhǎng)也來(lái)了。增尾在給家里的妻子打電話時(shí)，電話的那頭傳來(lái)了慘叫聲。當(dāng)警方趕到增尾家時(shí)發(fā)現(xiàn)妻子加代已被人刺死！雖然看起來(lái)是外部的入室殺人，但在柯南的推理下最終發(fā)現(xiàn)了兇手殺人的事實(shí)。

小蘭，園子和柯南在溜冰場(chǎng)認(rèn)識(shí)了五個(gè)自稱是陶土射擊愛(ài)好者的朋友，就在大家等待看煙火的時(shí)候，洗手間卻傳來(lái)園子的尖叫，大家慌忙趕到現(xiàn)場(chǎng)時(shí)，看到的卻是千尋遭人用散彈槍擊中胸部倒坐在洗手間的慘狀，她的尸體旁邊留下了一個(gè)用血寫(xiě)成的S狀文字，于是小五郎推斷這個(gè)英文字母代表著「兇手就是佐野泉」的信息，但高木和目暮警官卻推翻了他的猜測(cè)，之后，警方在死者的攜帶行動(dòng)電話上發(fā)現(xiàn)了KIX的字樣。

柯南隨小五郎送園子和小蘭到山里的別墅，參加在網(wǎng)上認(rèn)識(shí)的魔術(shù)愛(ài)好者見(jiàn)面會(huì)，在回家途中，柯南從收音機(jī)中聽(tīng)到魔術(shù)愛(ài)好者的西山務(wù)在家被殺，而且還留下殺人將繼續(xù)的留言，之后小五郎和柯南急忙趕回去卻看到與山外唯一連接的橋正在燃燒，身患發(fā)燒的柯南沖入大火一個(gè)人到達(dá)別墅，很快第二個(gè)受害者濱野的尸體在雪地中被發(fā)現(xiàn)， 但周?chē)鷧s一個(gè)腳印都沒(méi)有。

柯南，小蘭和小五郎一行三人搭乘開(kāi)往北海道的特快列車(chē)北斗星三號(hào)，在通過(guò)隧道的時(shí)候珠寶商人出云被人槍殺，兇手將車(chē)窗射穿跳出車(chē)外逃跑，之后警方又在隧道之中發(fā)現(xiàn)了疑似歹徒的男人，這宗命案的過(guò)程簡(jiǎn)直跟柯南的爸爸工藤優(yōu)作一篇未發(fā)表的推理小說(shuō)一模一樣，期間一個(gè)言行奇怪的女人引起的柯南的注意，在柯南揭穿她的謊言后，她終于暴露了身份。

對(duì)暗號(hào)進(jìn)行仔細(xì)研究后，柯南將其破解，順著暗號(hào)的指引，他們找到了暖爐下新的圖案，只是這個(gè)暗號(hào)指向了盤(pán)子，一切又回到了原點(diǎn)，柯南百思不得其解，之后，他注意到這些帶有暗號(hào)物品的擺設(shè)位置，將他們連成一線，沒(méi)錯(cuò)，機(jī)關(guān)就是天花板上的吊燈，將吊燈旋轉(zhuǎn)后，二樓的密室被打開(kāi)，然而這個(gè)閣樓上居然有一堆白骨！