唐三忍著被電的劇痛，用藍銀草把鐵籠子的欄桿死死捆住，他拼盡全力往外拉，藍銀草一點點被電枯萎，唐三被電到口鼻出血，鐵籠子的欄桿才拉開一個大縫，唐三因為體力透支暈倒在地，小舞和玉小剛急忙從大縫里出來攙起唐三。唐三掙扎著爬起來，他試圖召喚藍銀草，結果無動于衷，玉小剛勸他不要再浪費力氣了，他的武魂已經徹底廢掉了，蕭塵宇對唐三冷嘲熱諷，逼他俯首稱臣，玉小剛使出雙魂環，蕭塵宇根本不屑一顧，還取笑玉小剛是廢人，玉小剛讓唐三和小舞屏住呼吸，他召喚出沉睡的唐三炮，唐三炮跳起腳來沖蕭塵宇他們放了一個大煙彈，把蕭塵宇和柳龍等人當場熏暈，蕭塵宇揚言要追到圣魂村殺了他們，玉小剛惱羞成怒，返回來暴打他一頓，蕭塵宇嚇得連連求饒。玉小剛斷定蕭塵宇不會善罷甘休，唐三想回圣魂村把父親一起接走。王圣不肯放過這難得的報仇機會，把蕭塵宇一刀斃命。凌風聞訊趕來，看到蕭塵宇被割喉而死，就把昏迷的柳龍叫起來問明緣由，凌風看到被掰彎的鐵籠子，得知此事是玉小剛，唐三和小舞所為，讓柳龍把在場的侍衛都叫起來，一起去圣魂村追殺唐三他們，否則城主會讓所有人陪葬。唐三帶著小舞和玉小剛回到圣魂村，可唐昊不在家，玉小剛發現家具上落了厚厚的灰，猜到家里

柯南和平次傳來歷史學家的死訊，眾人陷入恐慌，并認為是怪物鵺在作怪。平次吩咐大家各自回房不要出門，考古學家主動要求與小蘭交換房間。眾人回房后，柯南與平次在院子里和村長詢問細節，院子卻突然再次著火，與此同時樓上的考古學家似被不明物體擊中，慘叫一聲后倒在房內，待柯南等人趕到時已經喪命。經過一番調查和推理，柯南和平次似乎有些眉目，而那只被大家遺忘在家中的狗突然引起了二人的注意。

利用步美找到的暗號解讀表，柯南本以為能順利解開暗號，不料卻遇到了瓶頸。正當此時，若狹老師再次拜托少年偵探團前往舊倉庫尋找石灰。來到舊倉庫的眾人發現倉庫一片狼藉，在若狹老師不經意的提示下，柯南終于解開了暗號的含義，并推測犯人將再次來到舊倉庫。為了避免打草驚蛇，柯南設計誤導犯人，并在深夜與若狹老師等人再次來到舊倉庫，柯南能否順利將犯人一網打盡？

喜歡刁難人的管理員并沒有告訴由美等人過多的線索，柯南結合能夠得到的信息一步步推敲終于有了結果，輸入密碼后筆記本電腦只是切換到了前置鏡頭，而那封裝有結婚登記表的信封早已被管理員塞回了由美的上衣口袋里。就在眾人打算去比賽會場時秀吉打來了電話，他告訴由美可以丟掉信封，因為心事重重的他已經輸掉了比賽。

警方確定了一起寶石搶劫案的嫌疑人，嫌疑人鷹取嚴男躲在一個倉庫里，不知為何柯南與小五郎也在場。警方突破倉庫門進入準備抓捕嫌疑人時，鷹取嚴男打開事先設下的陷阱，趁現場混亂之時綁架了柯南當做人質逃跑。柯南在犯人車上伺機逃跑，不料卻跑進死胡同里被抓。無奈之下柯南被帶到了一個荒廢的倉庫里，犯人鷹取嚴男究竟想讓柯南做些什么？