與服部一起來到東京的和葉在家庭餐廳買真空包裝咖喱時遇到了殺人事件，世良真純提議讓西部偵探代表服部與工藤借此機會進行一場推理對決。趕到案發(fā)現(xiàn)場之后，柯南、服部等人見到了第一個發(fā)現(xiàn)死者的卡梅隆警官，目前死者的身份無法確定，唯一的線索就卡梅隆曾聽到過的死者疑似自殺的話，得知死者帶有關(guān)西口音后，服部推斷出兇手就在這家餐廳。

以大阪發(fā)生的事件為契機，平次等人特地來到東京搜查，事件現(xiàn)場是一所公寓的房間，經(jīng)過柯南和平次的調(diào)查后判定這是一起自殺案件，利落解決案件的柯南等人準備乘坐電梯回去時又發(fā)生了命案。乍看之下發(fā)生在眼前的是自殺案件，但柯南和平次發(fā)現(xiàn)了很多疑點，根據(jù)高木警官打聽的結(jié)果，柯南等人鎖定了三名嫌疑人。

為了完成寫生作業(yè)的少年偵探團來到了米花市的郊外，在那里他們看到了草叢上的UFO，而這與一起殺人事件有著關(guān)聯(lián)。正當柯南等人詢問高木警官時UFO的主人小沼博士出現(xiàn)了，在調(diào)查研究所時發(fā)現(xiàn)了死者和自己要好的大哥萬年先生都為大藏工作，小沼先生正好買了大藏的字畫，而身藏巨款的大藏臨死之前告訴死者和萬年的訊息便是UFO。

在靜岡縣寫小說的推理作家海棠千賀小姐招待毛利小五郎來她住的別墅，希望小五郎分享關(guān)于名偵探的辦案經(jīng)驗，沒想到見面后卻沒有要聽小五郎分享的意思，而是一直在說自家人內(nèi)部的矛盾。次日早上醒來的柯南等人發(fā)現(xiàn)海棠一家還沒起床，再到臥室后才發(fā)現(xiàn)海棠夫婦以及海棠小姐的徒弟幸子小姐全部都被毒殺。

從火災現(xiàn)場逃出來的柯南等人看到的是跪坐在地上的初穗，想要殺害館長的三人卻反被殺害，而初穗承認自己失手將想要對館長下手的姐姐殺死，看到現(xiàn)場遺留的物品后柯南有了線索，這并不是一起單純的正當防衛(wèi)，在這個事件的背后還隱藏著不為人知的真相，隱藏在能面背后的真正兇手到底是誰？