諸葛亮（唐國(guó)強(qiáng)飾）來(lái)到先帝靈位之前痛苦不已，決定親自率領(lǐng)大軍再次討伐魏國(guó)。此時(shí)，大將關(guān)興不幸去世。魏國(guó)派遣司馬懿為大都督迎戰(zhàn)諸葛亮。司馬懿識(shí)破諸葛亮計(jì)策，蜀軍先鋒部隊(duì)大敗而歸。司馬懿知道蜀軍運(yùn)送糧草不便，開始閉門不戰(zhàn)，以拖延蜀軍戰(zhàn)機(jī)。諸葛亮設(shè)計(jì)木牛流馬，以運(yùn)送糧草，準(zhǔn)備持久戰(zhàn)。司馬懿仿制木牛流馬，卻不知已中諸葛亮之計(jì)，魏軍大敗，諸葛亮設(shè)計(jì)獲得魏軍大量糧草。此役之后司馬懿更加閉門不戰(zhàn)，諸葛亮心急如焚，設(shè)法誘敵出戰(zhàn)。

當(dāng)曹軍急攻烏巢淳于瓊營(yíng)時(shí)，袁紹增援的部隊(duì)已經(jīng)迫近。曹操勵(lì)士死戰(zhàn)，大破袁軍，殺淳于瓊等，并將其糧草全數(shù)燒毀。袁軍前線聞得烏巢被破，導(dǎo)致軍心動(dòng)搖，內(nèi)部分裂，大軍遂潰。袁紹倉(cāng)惶帶800騎退回河北，曹軍先后殲滅和坑殺袁軍7萬(wàn)余人，官渡之戰(zhàn)就這樣以曹勝袁敗而結(jié)束。

魏軍與蜀軍交兵于祁山，司馬懿（魏宗萬(wàn)飾）屢次中計(jì)，于是閉門不出，以逸待勞。劉禪恢復(fù)了諸葛亮丞相的職位，但這時(shí)諸葛亮的身體已經(jīng)大不如前。諸葛亮設(shè)計(jì)引魏軍出戰(zhàn)，司馬懿與諸葛亮斗智斗勇，知道這是諸葛亮的誘敵之計(jì)，于是分兵兩路夾擊蜀軍，諸葛亮也做好了周密的部署，分兵四路對(duì)抗魏軍。此時(shí)魏延（王心海飾）已經(jīng)有了反心。魏軍慘敗。諸葛亮卻重病倒下，全軍撤回漢中。一年后魏軍率兵四十萬(wàn)直逼漢中，諸葛亮訂下退敵之策準(zhǔn)備再出祁山。連降秋雨，魏軍冒雨而退，諸葛亮乘勢(shì)再出祁山。

周瑜（洪宇宙飾）向魯肅等人安排一定要輔助主公成就大業(yè)，向?qū)O權(quán)（吳曉東飾）推薦魯肅繼任己位。周瑜臨終前大呼“既生瑜，何生亮？”諸葛亮（唐國(guó)強(qiáng)飾）得知周瑜死訊，他說(shuō)服劉備（孫彥軍飾）等人前去吊孝。小喬把周瑜佩劍贈(zèng)與魯肅，魯肅得知諸葛亮來(lái)吊孝，派諸葛謹(jǐn)前去勸回，諸葛亮謝絕，執(zhí)意要來(lái)。程普等人聞?dòng)嶎A(yù)謀殺害諸葛亮，魯肅向?qū)O權(quán)表明心意，不可殺諸葛亮。祭祀之日，諸葛亮痛哭前來(lái)，甘寧拔劍刺向諸葛亮，趙云出劍擊落甘寧之劍。魯肅命程普等人住手，要善待嘉賓。諸葛亮雙手捧劍于程普面前，程普無(wú)奈接下。諸葛亮來(lái)到周瑜靈前，痛哭中訴說(shuō)著周瑜一生的輝煌成就，自己也永遠(yuǎn)失去一位知己。小喬說(shuō)出周瑜遺愿：“孫劉交好，以抗曹操（鮑國(guó)安飾）。”權(quán)觀諸葛亮祭奠之情，對(duì)世間流傳公瑾與孔明不和之說(shuō)不再相信。諸葛亮臨別時(shí)告訴魯肅退曹之策，魯肅謝過(guò)，感到諸葛亮多情，而周瑜度量太窄。諸葛亮遇見(jiàn)龐統(tǒng)，留給他薦書，希望他來(lái)荊州。龐統(tǒng)經(jīng)魯肅舉薦去見(jiàn)孫權(quán)，孫權(quán)見(jiàn)他容貌古怪，未能重用。劉備見(jiàn)龐統(tǒng)前來(lái)，任他做縣令。三月后，張飛（李靖飛飾）前去視察，看龐統(tǒng)三月不理政事很是氣憤，后觀龐統(tǒng)斷案如神，便把他請(qǐng)回。劉備再見(jiàn)龐統(tǒng)表示慚愧，問(wèn)諸葛亮為何不修書推薦，

司馬懿中了諸葛亮之計(jì)，進(jìn)入上方谷搶奪糧草。諸葛亮（唐國(guó)強(qiáng)飾）在上方谷設(shè)下火陣。司馬懿險(xiǎn)些被大火燒死之時(shí)，天突降大雨，司馬懿逃出。司馬懿堅(jiān)守不出，對(duì)諸葛亮的羞辱悉數(shù)笑納。司馬懿為安撫魏軍將士的怒氣，上書魏王請(qǐng)求出戰(zhàn)，魏王看出其中不戰(zhàn)之意，下詔不出戰(zhàn)。司馬懿款待蜀軍使者，從中探出諸葛亮身體不好。東吳撤軍，吳蜀夾擊魏國(guó)的戰(zhàn)略失敗，諸葛亮又因勞累過(guò)度，導(dǎo)致舊病復(fù)發(fā)。魏延請(qǐng)纓出戰(zhàn)，沒(méi)有得到諸葛亮的允許。劉禪得知諸葛亮舊病復(fù)發(fā)，慌張不已。諸葛亮接受眾人意見(jiàn)開始準(zhǔn)備禳星延長(zhǎng)壽命。