在小蘭的跆拳道社學姐鏡堂奈奈美的邀請下，少年偵探團的眾人來到了鏡堂家尋找傳聞中的寶藏，非常熱衷建筑的上一代家主鏡堂征太郎在這座宅邸中設下了各式各樣的機關，而沒有入口和窗戶的暗黑之塔也是其中之一，而在奈奈美帶領他們在宅邸四處參觀時突然聽到了女性的慘叫聲，奈奈美的母親不幸從塔上墜亡，前去調查兇手的途中灰原卻不見了蹤影。

阿笠博士住在鄉下的老友龍太郎那里剛好有元太他們想要的深山楸形蟲，在柯南等人捉蟲回來時卻發現龍太郎大叔倒在了地上，門口的佛像也不翼而飛，再留下“深山楸形”幾個字后龍太郎便暈了過去。與龍太郎有土地邊界問題糾紛的周平和時常會偷盜佛像的慶都因與“深山楸形蟲”有關系而被懷疑，經過調查而前往道之站的柯南認為兇手另有其人。

柯南和小蘭跟著小五郎一起參加他的老朋友結婚前的慶祝會，在熱鬧的氣氛中新娘加門初音小姐前往美甲沙龍做指甲，但是沒想到兩小時后初音小姐留下了“永別了”這句話后隨著停車場的爆炸聲變成了一具尸體，從掉落在案發現場的假指甲上采集到的皮屑與新郎伴場的DNA幾乎完全吻合，而初音小姐雇來的偵探安室透也將事件的矛頭對準了伴場。

少年偵探團和阿笠博士一起應邀參加冰雕祭奠，而邀請他們的則是前任村長的女兒美加小姐，來到祭奠的他們還看到了技藝精湛的冰雕師傅鹽田。鹽田先生為祭奠所設計的冰雕旅館卻成為了結束祭奠的誘因，現任的山口村長準備停止祭奠和東都休閑產業合作，就在大家忙著修理冰雕大門的晚上村長死在了冰雕旅館之中，而晚上起來方便的光彥聲稱看到了村長的幽靈。

毛利一家和柯南想要去的餐館正在施工，很多以前的建筑都被重建或者改造，正當毛利感嘆的時候工地里傳來了很大的聲音。建筑器材的散落發生了命案，被壓在鋼管底下的是朱古先生，而捆綁鋼材的帶子上有被割過的痕跡。最有可能作案的便是在場的三人，而這三個人都有作案動機，在檢查了命案現場后柯南有了線索。