阿笠博士帶柯南他們一起去吃回轉(zhuǎn)壽司的時(shí)候，遇見了一個(gè)讓人反感的客人我妻，他不僅挖苦元太和周遭的客人，而且還與這里的店長發(fā)生爭執(zhí)，當(dāng)柯南他們準(zhǔn)備離開這種不愉快的氛圍時(shí)，我妻突然十分痛苦的倒地不起，柯南立刻判斷出他是被人毒殺，有三個(gè)曾與死者有過節(jié)的人成為了首要懷疑對象，然而警察并未從他們身上到隱藏的毒藥，兇手到底是誰？他又是如何讓我妻拿到沾有毒藥的盤子？

前往海邊釣魚的柯南等人，在和代替阿笠博士來迎接他們的沖矢昴一起回去的路上，順道去了有著神奇?zhèn)髡f的一角巖參觀，在這里大伙兒看到巖石上面刻著“青魚、鯉魚、鯛魚和比目魚”四種魚名并且還發(fā)現(xiàn)了一名身穿潛水服的女性遺體，雖然狀似意外脫水而亡但這卻瞞不過柯南的眼睛，根據(jù)口紅和調(diào)節(jié)器他推斷出這是一起殺人事件。

小五郎曾抓捕過的殺人犯富樫文孝，在假釋的第二天再次因?yàn)闅⑷吮蛔ミM(jìn)了警局，小五郎深信決定重現(xiàn)做人的他不會(huì)再做出這種殺人的事情，便在偵訊室里勸導(dǎo)他說出真相，可是富樫卻一直保持沉默。另一方面，柯南和高木警官再次來到案發(fā)現(xiàn)場進(jìn)行調(diào)查，根據(jù)目擊者的證詞以及附近便利店的監(jiān)視影像，柯南發(fā)現(xiàn)事情的真相并非那么簡單，因?yàn)榘赴l(fā)現(xiàn)場除了富樫還有另外一個(gè)人。

來到倫敦的柯南不小心以新一的身份向小蘭暴露在倫敦的事實(shí)，而此時(shí)柯南喝下了回國用的解毒劑暫時(shí)以新一的身份出現(xiàn)！在繼續(xù)調(diào)查的過程中小蘭從以前新一說過的話中得到啟發(fā)發(fā)現(xiàn)了人偶的秘密。而之后通過與新一電話中發(fā)現(xiàn)了更多的線索。這時(shí)小蘭和小五郎碰到了米奈芭小姐，在米奈芭和弟弟阿波羅的協(xié)助下小蘭留在教堂的紙片，而上面寫著的就是接下來的線索。

柯南他們一行人前往亂舞璃神社的酉日集市，沒想到園子的背包竟然被頭戴火男面具的酉之男搶走。在他們第三酉日來到亂舞璃神社時(shí)，酉之男再次出現(xiàn)并刺傷復(fù)讀生益子士郎，益子昏迷前說“不是酉是猴子”并比劃出數(shù)字九，可這到底是什么意思？之后，警方在酉之男藏身的公園廁所里發(fā)現(xiàn)了三名男子火野辰男、猿川久巳、水江申次，同時(shí)還在小蘭的錢包里發(fā)現(xiàn)了一粒紐扣，當(dāng)?shù)弥@是酉之男的紐扣后，警方對三人展開了搜查……