千葉警官在警局四處詢問有關(guān)“不明飛行物”的線索，卻毫無所獲，這天他回到家，收到了聲稱是自己宇宙第一大粉絲的人寄來的神秘郵件。在另一邊，名為和田陽奈的女高中生來到毛利事務(wù)所，委托小五郎調(diào)查杯戶公園“UFO”一事。杯戶公園隔壁的杯戶高中發(fā)生殺人案件，這兩者是否有聯(lián)系？

受宿里村村長之邀，柯南和平次等人共同前往宿里村尋寶。到達(dá)旅店后，通過與其他幾位考古學(xué)家和歷史學(xué)家交談，他們得知在寶藏的埋藏之處曾發(fā)生過塌方事故，其中一位外國挖掘隊(duì)員在彌留之際寫下了意為“鵺”的字條，而鵺正是傳說中極為兇猛的怪獸。飯后當(dāng)眾人準(zhǔn)備回房休息，平次卻突然發(fā)現(xiàn)門前失火，眾人在火中看到了體型巨大的怪獸。為了一探究竟的柯南和平次在追蹤怪獸的過程中，卻發(fā)現(xiàn)了倒在血泊中已經(jīng)喪命的歷史學(xué)家。

練習(xí)空手道的京極曾在幼時(shí)受到高見達(dá)人的指點(diǎn)，高見老師的教誨才成就了如今的京極，京極拜訪老師道館的時(shí)候園子拖著柯南也來參觀。高利貸催款的人來到了道場，得知老師要賣掉道場引退后京極非常反對，京極出去沒多久就聽到了玻璃破碎的聲音，一行人沖出去后發(fā)現(xiàn)道館內(nèi)寶貴的黑帶不見了。

小蘭的母親妃英理在自己的事務(wù)所突然被人綁架，但她趁綁匪不注意躲進(jìn)了廢棄的大樓內(nèi)，并用搶來的手機(jī)向小蘭求救，雖然遭到了綁匪的干擾但柯南還是分辨出來了妃英理所發(fā)的信息內(nèi)容，從中獲得了一些線索后柯南帶領(lǐng)小蘭和小五郎立刻展開救援，但被綁架的地點(diǎn)可能有兩處，柯南能在危急時(shí)刻找到正確的位置嗎？

綾乃在休息日應(yīng)邀來到了美冬家，誰知在門口時(shí)卻聽到了屋內(nèi)的爭吵聲以及美冬的慘叫，終于打開門的綾乃只看到了美冬的尸體和房內(nèi)凌亂的腳印。匆忙逃命的綾乃在路口撞上了柯南和毛利并帶他們來到了案發(fā)地，而當(dāng)柯南他們順著屋內(nèi)遺留的線索找到“兇手”田端時(shí)卻發(fā)現(xiàn)對方竟然已經(jīng)死亡。