為了完成寫生作業(yè)的少年偵探團(tuán)來到了米花市的郊外，在那里他們看到了草叢上的UFO，而這與一起殺人事件有著關(guān)聯(lián)。正當(dāng)柯南等人詢問高木警官時(shí)UFO的主人小沼博士出現(xiàn)了，在調(diào)查研究所時(shí)發(fā)現(xiàn)了死者和自己要好的大哥萬年先生都為大藏工作，小沼先生正好買了大藏的字畫，而身藏巨款的大藏臨死之前告訴死者和萬年的訊息便是UFO。

阿笠博士為了鑒定古董壺的價(jià)值而在影音網(wǎng)站上傳了影像，沒想到卻引起了這次的綁架事件。就在柯南等人重新購買咖喱食材的那段時(shí)間內(nèi)，在家里的阿笠博士被電暈，而和博士在一起的步美也被綁架了，而綁架犯的目標(biāo)卻是讓柯南他們尋找簡訊中的貓，在柯南等人來回奔波時(shí)綁架犯又發(fā)來了訊息，聲稱找到貓的綁架犯釋放了步美，但他們的真正目的到底是什么？

正在進(jìn)行的推理游戲卻變成了真正的殺人事件，在列車到達(dá)名古屋前柯南他們要在乘客中揪出真正的兇手來，在他們四處尋找線索的時(shí)候灰原卻忍受著內(nèi)心的煎熬。內(nèi)心忐忑不安的灰原正在受到組織的威脅，組織的黑影已經(jīng)更近一步接近灰原，她絕對不能以這種摸樣被人殺害。

泡沫、熱氣和煙的實(shí)驗(yàn)與室溫并沒有關(guān)系，在聽到三人單獨(dú)的問話后柯南鎖定了兇手。再次來到公寓的柯南又實(shí)施了實(shí)驗(yàn)，事發(fā)時(shí)吵鬧不停的鬧鐘和他們到達(dá)案發(fā)現(xiàn)場的時(shí)間成為了案件的突破口，而柯南也明白了制造出不在場證明假象的手法，案件的真相終于揭曉，而在真相的背后又隱藏著不為人知的悲劇。

在死去的西澤家里發(fā)現(xiàn)了作案的手法和遺書，看似自殺的現(xiàn)場還存在很多疑點(diǎn)，在現(xiàn)金還沒有歸還的情況下小五郎檢查繼續(xù)調(diào)查。西澤的好友田中和公司社長的互相指正引起了小五郎的懷疑，而一路探查的柯南看到了漂浮在宇田川河面上的部分鈔票，經(jīng)過整理之后柯南得知了這次事件的兇手，而他將代替感冒的小五郎為大家揭曉真相。