柯南、小蘭和小五郎碰帶了一個深情恍惚的少女，送去醫院檢查后，醫生說少女暫時失去記憶，幾人從僅有的信息中找到了她所住的飯店，柯南不停的詢問讓少女頭疼而跑出酒店，突然有一輛汽車迎面開來，但少女靈敏被避開，調查過程中柯南發現這名女子身手矯健總能避開危險，她到底是什么人？為什么總遭到襲擊？

柯南隨小五郎參加「名偵探小五郎推理公館」電玩游戲的發布會時，碰到了游戲制作公司滿天堂的三名員工中島、上田和竹下，三人慌亂的存放行李后，趕往會場，期間，柯南偶然聽到一高大黑衣男子的通話，并從中得知此人和黑衣組織有關，可還沒能得到更多的信息，黑衣人就被炸死，一番推理后，柯南發現這是意料之外的殺人事件，柯南能否得到更多的關于黑衣組織的線索？

園子、小蘭和柯南三人一起參加搖滾樂團雷克斯的慶功宴，卡拉OK包廂內，大家都因雷克斯樂團將要解散而面露悲傷，在主唱達也演唱完《血紅的維納斯》后，中毒猝死，在場的人都有作案的嫌疑，柯南無意看到達也以前的樂團照片后，便明白了兇手是誰，他躲在暗處以工藤新一的身份將兇手揭露，而因這場兇案牽扯出的愛恨情仇也無疑讓所有人扼腕嘆息。

清潔公司的董事藤井被樓上掉下的重物砸死，警察在尸體旁邊發現了一個沒有指紋的口風琴，柯南認為這并不是簡單的意外事件而是謀殺，警察去清潔公司社長中山的辦公室進行調查時，這里的監視器引起了柯南的興趣，在對監視器進行了簡單的操作后和攝影內容簡單回查后，兇手浮出水面。

在酒店吃飯時，一個神色不安的人引起柯南的注意，柯南等人暗中跟蹤并進一步詢問得知，此人名叫遠藤，他的兒子被人綁架，為保兒子安全而沒有報警，小五郎決定幫他。次日，犯人打來電話要錢，遠藤聽到了兒子說有螃蟹和鯨魚，這是找到犯人據點的唯一線索，小蘭、柯南和小五郎走街串巷的找有螃蟹和鯨魚的地方，柯南想起了漏掉的線索，順利找到有「螃蟹和鯨魚」的地方，將人質解救。