鈴木集團舉辦的熱氣球大賽引來了很多參賽選手，冠軍獎金高達1000萬日元，蟬聯(lián)兩屆冠軍的水口先生今年帶著太太一起參加了比賽，賽前他和奧田先生發(fā)生了爭執(zhí)。比賽中，奧田先生撞上了水口先生的熱氣球，在墜落過程中水口太太墜落身亡，發(fā)生的這一切看似只是一場事故，但柯南卻從熱氣球的殘骸中看出了端倪。

高木警官突然來電要找柯南，他說柯南是殺人事件的知情人。畫家北園青峰下午三點半左右在家被人殺害， 警方為了確定嫌疑人之一北園先生的弟子西山大樹的不在場證明把柯南叫來，因為事發(fā)當(dāng)日西山將柯南和朋友們作為模特畫了一幅風(fēng)景畫。北園先生的兩位弟子和妻子都似乎與北園先生有過糾紛，這次的案件讓警察們陷入困局。

柯南所在的班里來了一位新老師名叫若狹留美，若狹老師想在體育課前用石灰畫線，卻發(fā)現(xiàn)石灰已經(jīng)用完了。柯南告訴若狹老師舊倉庫里可能有石灰，元太和光彥開玩笑說舊倉庫有幽靈出沒，若狹老師感到很害怕，便拜托少年偵探團一同前往舊倉庫。在尋找石灰的過程中，柯南發(fā)現(xiàn)一扇通往地下的門，眾人合力打開門后，卻驚人地發(fā)現(xiàn)了一具骸骨……

唐三為小舞梳頭，不由地聊起了各自的家庭，兩個人越聊越投機，小舞高高興興去吃飯，王圣等人趕忙湊過來好奇地問東問西，唐三心里坦蕩蕩，他夸小舞是一個很單純的姑娘。蕭塵宇派柳龍在女生寢室找了一大圈，也不見小舞的人影，沒想到小舞竟然住在七舍，而且還是這里的老大，蕭塵宇大為惱火。小舞興沖沖拉著唐三去食堂吃飯，蕭塵宇邀請小舞去魂師會館吃好吃的，小舞根本不領(lǐng)情，柳龍沖小舞大呼小叫，要強行拉她走，小舞飛起一腳把柳龍打翻在地，蕭塵宇惱羞成怒，還搬出苑長是他三叔來說事，唐三根本不買賬，拉起小舞就去食堂吃飯了。理論課考試的時候，柳龍不會答題，就搶了王圣的卷子，還倒打一耙，誣陷王圣作弊，唐三和小舞站出來揭穿柳龍，監(jiān)考老師不容分說把柳龍和王圣趕出去。接下來就是武魂格斗課，教官讓蕭塵宇給同學(xué)們做示范，蕭塵宇讓唐三做他的搭檔，其實就是想讓唐三當(dāng)活靶子，趁此機會好好教訓(xùn)唐三，蕭塵宇揮拳擊打唐三胸口，他被打得站立不穩(wěn)差點摔倒，蕭塵宇步步緊逼，招招致命，一一被唐三巧妙化解，兩個學(xué)員分別死死拉住唐三的手臂，蕭塵宇揮拳狠狠打向他的腹部，唐三紋絲不動，蕭塵宇感覺有一股巨大的反擊力量，十分驚訝唐三如何反擊的。教官讓學(xué)員們擊打沙袋練

為了紀念戰(zhàn)國武將信長入主岐阜城450周年，偵探少年團和阿笠博士來到岐阜市內(nèi)游玩。在光彥的提議下，眾人共同觀看了當(dāng)?shù)氐挠⑿坌惚硌荨１硌萁Y(jié)束后，光彥因想得到簽名而獨自返回觀看場所，然而他卻在尋找表演人員的過程中遭到綁架……與此同時，在博物館展出的信長公像也一并失竊。光彥能否獲救？柯南眾人尋盡線索，希望迅速找出幕后黑手。