小五郎受委托調查游戲軟件工程師板倉死亡。目暮警官斷定是心臟病發(fā)作的殺人事件。小五郎懷疑三名委托人是嫌疑犯，但沒有證據。柯南為了得到記錄著黑色組織線索的被害者日記磁片，急于解決事件。但一直沒有機會。而在案件調查方面最終在看到不自然的圍棋盤之后柯南得知死者留下的死前訊息并指出了兇手的所在。

在公園與照顧貓的老奶奶大森靜結識的柯南他們，次日按約定來幫忙。但是，靜沒有出現，好象從前天起就沒回過公寓的樣子。為此擔心的柯南他們由于靜打理家務的女仆人的阻擾而沒能進靜的家得到線索。就在一愁莫展之時，帶著老婆婆絲巾的貓布魯斯出現在柯南他們面前。柯南推斷出婆婆肯能被他人綁架，少年偵探團開始解救婆婆的任務！

少年偵探隊為幫白鳥警官報仇，堅持留下來和警察一起進行破案，根據歹徒留下來的警告信，警方認為炸彈就安在紅色的電車上，可是費盡力氣找到的全都是用來混淆視聽的假炸彈，如果找不到炸彈,住在東京區(qū)的1200萬居民都將成為人質，柯南再次仔細琢磨這封警告信，發(fā)現歹徒所指的地方就是東都塔，并且那里也已經發(fā)生了一次小型爆炸。高木警官和柯南沖入東都塔，成功將困在電梯的女孩解救，但他們兩人就沒有那么幸運了，柯南發(fā)現裝在炸彈上的水銀汞柱已經啟動！

參加網球比賽的柯南他們來到熊本縣。市內觀光的途中，園子撿到一部手機。手機的畫面上是“想要遇見那個孩子”的短信。園子與小蘭得到與園子同名女子的戀人的幫助，帶著手機出現在咖啡店。小蘭無意中聽到兩人的危險談話被綁架，而在小蘭打來的電話中柯南他們開始進行調查決心已定要組織這場謀殺！

在電梯邊被殺的中條寫下暗號『○×△』。還有一個文字是在殺害現場的電梯踏板邊的『□』。柯南從英語老師朱蒂的話中得到啟發(fā)，在調查死者的工作場所之后發(fā)現碎紙機的存在從而推理出死亡信息的真實意義。原來死亡信息很像是文字的部分，像記號般的文字。而在對照目暮警官拿著嫌疑犯的名單之后很快找到了兇手！