沒(méi)過(guò)多久，綁匪就打來(lái)電話威脅柯南他們盡快找到寶藏，不然難保灰原他們安全。人命關(guān)天，柯南絞盡腦汁想要破解暗號(hào)，他發(fā)現(xiàn)萩市地圖與貓圖相吻合，而貓眼的地方就是線索的所在，于是，他們來(lái)到了円政寺，并在這里找到了日記中被撕掉的一頁(yè)，柯南將這些零散的圖片拼接成一條路線，大伙兒照此地圖找到了一個(gè)地下山洞，就在寶物將要到手之時(shí)，黑衣人綁匪出現(xiàn)……

柯南回家后小蘭就告訴他，自從放寒假瑛祐就失去了聯(lián)系，而在此之前小蘭從他那里聽(tīng)說(shuō)，他好像在杯戶(hù)中央醫(yī)院找姐姐的時(shí)候發(fā)現(xiàn)了關(guān)于自己父親線索，柯南急忙找到茱蒂老師商量對(duì)策，并推斷出他的父親就是被黑暗組織殺掉的CIA諜報(bào)人員，隨后，柯南一行人趕到醫(yī)院向護(hù)士詢(xún)問(wèn)英祐的事情，沒(méi)想到竟然還有另一個(gè)人像英祐一樣在這家醫(yī)院打聽(tīng)水無(wú)憐奈的事情。

傳說(shuō)中的幽靈鬼屋里住進(jìn)了一個(gè)奇怪的大叔，但當(dāng)柯南他們趕去調(diào)查時(shí)看見(jiàn)的卻是整齊的庭院。不幸的是這個(gè)整理庭院的大叔第二天就因病去世了，在庭院門(mén)口，少年偵探團(tuán)遇到了前來(lái)取畫(huà)的畫(huà)商并從他的口中得知住在這里的人是畫(huà)家和田，可是大家找遍了房子也沒(méi)能找到畫(huà)作，就在他們要放棄之時(shí)，來(lái)了兩名前來(lái)看畫(huà)的客人，而這個(gè)人正是和田失憶的阿姨，為了讓疼愛(ài)自己的阿姨恢復(fù)記憶，和田到底創(chuàng)作了怎樣一幅畫(huà)？

兇器是房間工具箱里的錘頭，并且柯南還發(fā)現(xiàn)每個(gè)人的房間都有薰衣草和工具箱，到底是誰(shuí)做出這種安排？又是出于什么目的呢？既然是無(wú)人島，那么兇手一定就是這棟房子中的一人，之后柯南他們又對(duì)供電的小房子進(jìn)行了調(diào)查，然而根據(jù)所找的線索，柯南，服部和白馬探每個(gè)人鎖定的嫌犯都不相同，即便如真相也只有一個(gè)！

從其他人的談話中，柯南得知在這起爆炸事件發(fā)生之前，曾經(jīng)也有油桶被打翻的情況，并且周藤豪貴死前所穿的衣服是未婚妻銀林惠奈所送的羊毛衫，根據(jù)這些線索再加上灰原無(wú)意的提示，柯南將兇手鎖定，他以警方要錄口訊為由將不知情的兇手帶走，并在車(chē)庫(kù)中重現(xiàn)犯案時(shí)所用的手法讓她自己露出了馬腳。