董卓見呂布戰敗，盟軍勢大，燒洛陽，逼獻帝遷都長安。盟軍入洛陽，各起異心。孫堅在宮井中得到傳國玉璽，率軍返回江東。曹操（鮑國安飾）與袁紹發生摩擦，去了揚州。盟軍瓦解。接著軍閥又開始火并。袁紹攻公孫瓚，被趙云所救。趙云（張山飾）本是袁紹部將，見袁紹無忠君救民之心，于是棄袁紹而投了公孫瓚，但不受重用。在江東，孫堅攻荊州，被劉表軍士用亂箭射死。此時，司徒王允在長安設下連環計，讓董卓和呂布為爭奪歌JI貂嬋而發生沖突，董卓被殺。董卓部將又反撲過來，殺了王允全家。在軍閥混戰中，青州黃巾又起，曹操前往收降了三十余萬人，擇精壯者編為青州軍，其余軍士放歸務農，從此威名大振，朝廷封曹操為鎮東將軍，屯駐兗州。這時，曹操老父被黃巾降將所害，操為報父仇，盡起兵馬親討降將新主徐州陶謙。劉備從公孫瓚處借趙云和兵馬解救陶謙，曹操因呂布助張邈奪取兗州而退兵，徐州解圍。陶謙三讓徐州，劉備終受，暫管徐州軍政事務。曹操與呂布混戰，收復兗州。

鳴人被大筒木一族困在神樹，桃式瘋狂抽取九尾查克拉，并嘲笑忍者是他們的查克拉口糧。佐助和我愛羅、長十郎、黑土、達魯伊以及博人突襲大筒木基地，鳴人和博人父子倆終于相互理解，鳴人的忍道同樣激勵了博人。桃式眼看戰局不利，吞食了大筒木同伴的力量，爆發終極殺手锏。"

木葉的少年忍者們都在父親的教導下練習忍術，這讓沒見過自己父親幾面的佐良娜心里很不是滋味，就連常做蠢事被鳴人追著到處跑的博人也足夠讓她羨慕。積壓已久的情緒終于爆發了，她詢問母親關于父親佐助的事情，但小櫻模棱兩可的回答并沒有說服她。一次偶然的契機佐良娜看到了佐助與鷹小隊成員的合照，照片中出現的女人讓她開始懷疑自己的身世。

孫堅死后，其子孫策（濮存昕飾）謀求大業，身居袁術帳下。孫策勝仗連連，居功至偉，但袁術生怕功高蓋主，對孫策異常冷落。孫策與遺臣程普、黃蓋商議后，決定用傳國玉璽跟袁術換得兵馬，進兵江東，力圖大業。在進兵途中，孫策遇到了結拜兄弟周瑜（洪宇宙飾），兩人決定合兵一處。孫策與周瑜商議先收攬江東才俊，然后攻陷劉繇。一翻大戰之后，孫策人才盡覽，立足江東，袁術悔之晚矣。

佐良娜、蝶蝶和堇最近遇到了一件煩心事，她們總感覺有人跟蹤她們，被跟蹤了幾次之后蝶蝶終于逮到了這個跟蹤狂。隔壁班的紛暗戀著堇，不敢表達愛意的他選擇偷偷跟在堇的后面，在蝶蝶的鼓勵下紛鼓起勇氣告白，被拒絕后紛心生恨意，等到再次見到紛時博人又看到了那股邪惡的力量。