揭開暑假序幕的星期天，阿笠博士陪著少年偵探團看完電影后往家趕，在電車上他們看到遠方的樓頂上發(fā)生了命案，但到達現(xiàn)場后目擊墜落的時間卻是他們看到案情發(fā)生后的10分鐘。五層的建筑不可能墜落這么長時間，為了找出案情的真相柯南立即對案發(fā)的大樓展開了調(diào)查。

看起來像是連續(xù)殺人的案件卻被定性為盜竊事件，世良等人對警視廳產(chǎn)生了懷疑，而昴先生也在她們的談話中知道了他現(xiàn)在所住房子的主人便是工藤新一。在園子和世良的慫恿下小蘭打通了新一的電話，感到不妙的柯南急忙躲進廁所里，當(dāng)小蘭提到昴先生給新一的留言后柯南恍然大悟，這次案件的真相即將揭曉但柯南的秘密卻被昴先生發(fā)現(xiàn)。

來到熊本阿蘇火山旅行的柯南等人不幸卷入了事件，盜取熊紋食品機密資料的犯罪嫌疑人試圖取回贖金時被步美打斷，藏有機密隨身碟的熊本熊玩偶陰差陽錯到了小男孩賈斯丁手中，與賈斯丁有過一面之緣的柯南等人好不容易才找到了他的線索，但卻被犯人搶先了一步，現(xiàn)在丟失的不只是機密文件，連同賈斯丁也被綁架了。

為了某人的關(guān)系，高木警官竟然把快要掉下去的炸彈重新移到身邊，通過對高木警官影像的分析柯南鎖定了監(jiān)禁的地點為北海道，寒鴉和只會在寒冷北海道北海道出現(xiàn)的日柱現(xiàn)象證明的柯南的觀點，但他們依舊無法找到監(jiān)禁高木警官的高層。高木警官故意踢下去的布引起的柯南的注意，在認真查看過影像后他找到了答案。

柯南以工藤新一的身份聯(lián)系沢栗熏，并讓他拍照傳送這三位嫌疑犯的簽名書，期間，新一得知了沢栗熏的外號鶯鳥并推敲出了沢栗未紅取綽號的規(guī)則，根據(jù)死者生前在SNS留下的信息，新一知道了兇手是誰，但他卻無法冒著犧牲兩條人命的風(fēng)險揭露真相，所幸警方的狙擊手已經(jīng)就緒，然而，小蘭卻做出了讓人吃驚的舉動……