雖然少年偵探團(tuán)被發(fā)現(xiàn)且命懸一線，不過(guò)幸好柯南及時(shí)趕到，大家得以解救，至于這個(gè)黑衣女人根本不是組織里的人。回家的路上，灰原識(shí)破柯南的身份并說(shuō)自己是黑衣組織的人，而阿笠博士現(xiàn)在已經(jīng)……，聽(tīng)到這些，柯南匆忙趕去博士家卻發(fā)現(xiàn)博士安然無(wú)恙，而這時(shí)灰原也回到家，原來(lái)她因?yàn)榻憬愕氖虑橐呀?jīng)背叛了組織并且服用了和柯南一樣的藥讓身體變小，走投無(wú)路之下來(lái)到工藤家，被博士發(fā)現(xiàn)而收留。

柯南向大家分析兇手是有目的的要?dú)⒛硞€(gè)人，這時(shí)，警察說(shuō)他們?cè)谀静衲抢镎业搅艘缓写艓Ш桶杏暌碌膬雌鳎?tīng)過(guò)磁帶之后，柯南揭穿了想要?dú)⑺懒x房的兇手敬子，但當(dāng)問(wèn)及真知子的死亡時(shí)，敬子卻矢口否認(rèn)，柯南說(shuō)兇手確實(shí)不是敬子而是另有其人，還沒(méi)待他講完案件，那個(gè)鬼鬼祟祟的墨鏡男出現(xiàn)了，他居然是……

柯南沒(méi)想到元太等人也悄悄的跟著他，這時(shí)，俊野提起哥哥曾打來(lái)電說(shuō)自己和夏目漱石一樣的小說(shuō)家在一起，柯南仔細(xì)想了想便明白哥哥想要傳達(dá)的信息。一家在警局旁邊的報(bào)社引起了少年偵探團(tuán)的注意，柯南斷定這就是俊野哥哥被囚禁的地方，但警察卻不相信他們的話，無(wú)奈之下，柯南用變聲領(lǐng)結(jié)給暮目警官打電話，于此同時(shí)，元太等人卻私自潛入了報(bào)社……

柯南、小蘭和園子一起在天臺(tái)上等待看流星，和他們一起的還有三個(gè)東都大學(xué)研究所的學(xué)生，期間，野中和秋本去對(duì)面的電視轉(zhuǎn)播塔進(jìn)行攝影，臨走前秋本告訴他們會(huì)有人造衛(wèi)星經(jīng)過(guò)，讓他們注意觀測(cè)。過(guò)了一會(huì)，秋本從轉(zhuǎn)播塔那邊回來(lái)，留下野中一人攝影，就在大家看向?qū)γ娴臅r(shí)候，野中從塔上墜落，趕到現(xiàn)場(chǎng)后，他已氣絕身亡，這到底是意外事故還是有人蓄意謀殺？

柯南等人搭乘環(huán)形電車的時(shí)候，突然從二號(hào)車廂里傳來(lái)慘叫，一名女子橫尸車廂，發(fā)現(xiàn)尸體的是死者的三名同事，柯南注意到死者耳朵發(fā)黑并且有被針狀物刺過(guò)的痕跡，由此推斷是被人毒死的，警察趕到后對(duì)死者的三名同事進(jìn)行偵訊并檢查了他們的物品，柯南發(fā)現(xiàn)其中一人物品很是可疑，沒(méi)錯(cuò)，兇手就是她！柯南已將謎底已經(jīng)解開(kāi)。