柯南、小蘭、小五郎等到小天狗山遠(yuǎn)足，目擊了在山頂管理事務(wù)所工作的平井高也從山崖上掉下來(lái)。他們急忙到崖下去看時(shí)，平井已經(jīng)死亡。同事務(wù)所工作的近藤英一郎說(shuō)本來(lái)應(yīng)該是自己去的，為此泣不成聲，警方打算按照事故處理，柯南卻發(fā)現(xiàn)這不是突發(fā)事故而是一起殺人事件！而在調(diào)查之后柯南也發(fā)現(xiàn)了兇手的真實(shí)面目以及犯罪手法！

帝丹高中最近發(fā)生了不可思議的靈異事件，小蘭本想拜托小五郎調(diào)查卻被拒絕，所以由柯南出馬破解校園靈異事件之謎。期間，小蘭他們還遇到新出醫(yī)生，于是一行人在園子的帶領(lǐng)下首先來(lái)到了體育館，這里曾莫名的出現(xiàn)了兩年前就已死去的保坂的書桌，接著又來(lái)到了詭異的圖書館和導(dǎo)致保坂死去的樓梯，經(jīng)過(guò)一圈查看，柯南已大致明白，就在這時(shí)，操場(chǎng)中間突然出現(xiàn)了保坂的書桌……

與黑色組織面對(duì)面 滿月之夜的兩起神秘事件(之四)真相大白之后，兇手卻說(shuō)都是蓓摩特逼他殺的人，然而不論何種理由都不能洗刷他殺人的事實(shí)，當(dāng)大家都還沉浸在推理中，工藤新一卻再次揭掉了面具，此人的真正身份竟然是服部平次！而還在碼頭對(duì)峙的茱蒂與蓓摩特也都采取了行動(dòng)，原本處在上風(fēng)的茱蒂卻被身在暗處的蓓摩特的同伙射傷，局勢(shì)發(fā)生了扭轉(zhuǎn)，就在蓓摩特舉槍滅口時(shí)，柯南出現(xiàn)……

這件兇案的最大疑點(diǎn)就是，兇手從這個(gè)亂七八糟的黑暗房間逃跑的時(shí)候，居然沒(méi)有發(fā)出任何聲響，而且門鎖也沒(méi)有被破壞的痕跡，由此看來(lái)，睡在死者身邊的穗島嫌疑最大，可穗島卻說(shuō)唐田和根上也都有這間屋子的鑰匙，于是，警方找來(lái)這二人進(jìn)行偵訊，得知案發(fā)時(shí)兩人都沒(méi)有不在場(chǎng)證明，既然如此，嫌疑犯就有三人，這時(shí)，警方發(fā)現(xiàn)死者身上少了一顆紐扣以及地上的攝影機(jī)，查看過(guò)影像大家仍未發(fā)現(xiàn)有何異常，而那顆不翼而飛的紐扣就成了破案的關(guān)鍵。

為調(diào)查鬼屋真相搜集更多的線索，柯南和小五郎一起對(duì)這棟公寓的其他三位住戶進(jìn)行詢問(wèn)，四谷和番町的房間里都擺滿了各種恐怖碟片以及會(huì)發(fā)光的鬼怪塑像，而另一位叫牡丹的研究生則是名絕對(duì)的無(wú)神論者，調(diào)查期間，總有飛蛾圍繞在他們身邊，這讓柯南靈光一現(xiàn)，沒(méi)錯(cuò)，這些恐怖現(xiàn)象確實(shí)是人為的，并且這還與四年前那具死在公園里的女性焦尸相關(guān)，而兇手就是他！