柯南在從大阪回來的新干線中遇上了佐藤警官、高木警官。兩人正在押送毒品的秘密販賣者小倉。途中車內(nèi)發(fā)現(xiàn)可疑的炸彈包裹。就在佐藤前去查看之時留下高木警官的時候，犯人小倉要求去廁所，卻在廁所中用刀刺自己的腹部身亡。而在調(diào)查的過程中佐藤發(fā)現(xiàn)小倉血跡的疑點，并推斷出這是他殺時間而非自殺。

為了救被綁架的詹姆斯，少年偵探團(tuán)努力推理他留下的“P&A”的意思。步美把自己的偵探徽章留在了詹姆斯那里使眾人得到了詹姆斯的鎖在位置。他們還得到了佐藤警官等的幫助，向犯人發(fā)起追擊。而經(jīng)過推理，柯南領(lǐng)會到詹姆斯信息原來指的是自己被綁架到假冒的警車之中。而為了確保詹姆斯的安全，柯南眾人采取了非常的營救手段。

小五郎因為中了彩票帶著小蘭和柯南一起享受可以在南紀(jì)白濱住上一晚的旅行，并在那里結(jié)識了寫生旅行的醫(yī)科大學(xué)學(xué)生新莊真紀(jì)，由良達(dá)彥，宮原加奈子，藤浩太，三井元，五人之間似乎有著復(fù)雜的關(guān)系。第二天毛利他們偶然遇見了藤浩。正巧慌張的三井給藤浩的手機打來了電話說三段壁的樹林里發(fā)現(xiàn)真紀(jì)胸口中刀被殺。而柯南發(fā)現(xiàn)散落在現(xiàn)場鑰匙的疑點。

柯南、小蘭和小五郎回家的路上，看到一間公寓里有人發(fā)生了爭吵，正準(zhǔn)備上前阻止時，一位老人說這種爭吵已成家常便飯，不用理會。然而，第二天居然在這間公寓里發(fā)現(xiàn)了尸體，就在小五郎懊悔沒能救人時，事務(wù)所突然沖進(jìn)了一位叫中本的年輕人，他聲稱自己是無辜的，雖然昨晚看似自己和死者在一起發(fā)生了爭吵，可這根本就是死者所演的獨角戲，隨后小五郎又找到了能證明他清白的錄音帶，本以為一切塵埃落定，柯南卻發(fā)現(xiàn)了其中的蹊蹺。

少年偵探團(tuán)在公園看到了可疑的男人。他們知道那個男人是為了向綁架燕秋夫的犯人交贖金的之后，來到了燕宅。原來燕財閥的孫子秋夫被人綁架了。在看了秋夫的畫之后柯南發(fā)現(xiàn)秋夫有留下畫畫地方特征的習(xí)慣，尋找秋夫畫里留下的訊息成了關(guān)鍵所在。在少年偵探團(tuán)的各位的齊心協(xié)力下終于找到綁架秋夫的嫌疑犯的地方并成功救出了秋夫。