就在光彥撥通報(bào)警電話之時(shí)，檢查的工人以小哀作為威脅，沒(méi)有辦法下光彥掛斷了求救電話。犯人們商議著要放棄贖金處理掉一切，少年偵探團(tuán)的各位陷入了危機(jī)，就在這時(shí)步美注意到柯南發(fā)出的信號(hào)，按照指示給依次給步美，柯南，元太和阿笠博士的手機(jī)打電話來(lái)分散犯人的注意力，但因?yàn)槁曇籼蠓炊l(fā)了犯人的注意。而此時(shí)犯人也發(fā)現(xiàn)了孩子們的計(jì)謀開(kāi)始尋找光彥他們，柯南利用麻醉槍也終于制符了犯人們。

差點(diǎn)被警察發(fā)現(xiàn)的柯南和大嶺及時(shí)被阿笠博士帶走，之后小五郎也趕到阿笠博士家，聽(tīng)完柯南的分析，大家決定先找到大嶺當(dāng)時(shí)所使用的空包彈手槍，被柯南找到的手槍成為了大嶺洗清嫌疑的關(guān)鍵證據(jù)，接下來(lái)就是尋找將罪名嫁禍給大嶺的真兇，柯南再次前往遭到槍襲的地下室，并在這里發(fā)現(xiàn)了兇手留下的線索，為了讓兇手自己露出馬腳，柯南計(jì)劃了一出好戲……

從昏迷中醒來(lái)的陽(yáng)菜趁父母爭(zhēng)吵之際悄悄溜出醫(yī)院，按照歹徒的指示去拿彩虹之子，而這一切都在柯南的預(yù)計(jì)范圍內(nèi)，他讓服部暗中進(jìn)行追蹤，期間，小蘭用她撿到的步美的徽章聯(lián)系上了少年偵探團(tuán)并暗示她所在的地點(diǎn)，雖然歹徒發(fā)現(xiàn)了服部等人，但柯南還是找到了陽(yáng)菜和歹徒要去的地方，見(jiàn)勢(shì)不妙想要逃跑的歹徒被得到救援的小蘭一招制服，然而，幕后的指使者卻另有其人。

小五郎帶柯南和小蘭去露天浴場(chǎng)泡溫泉的時(shí)候，聽(tīng)到了咔嚓咔嚓的石頭滑落聲，當(dāng)他們尋聲趕到后，發(fā)現(xiàn)不動(dòng)產(chǎn)社長(zhǎng)梅津英章已經(jīng)沒(méi)了呼吸，這起看似意外的事件其實(shí)是樁蓄意殺人案，警察對(duì)在場(chǎng)的嫌疑人即死者的女兒麻麗、泰子、秘書(shū)八木橋以及浴場(chǎng)老板進(jìn)行偵訊，期間，一條擰干的毛巾從麻麗的包包中掉了出來(lái)，小五郎認(rèn)為這是她為了不留指紋而使用手法，就在他準(zhǔn)備揭穿所謂的兇手時(shí)，知道真相的柯南將他麻醉揪出了真正的兇手！

連續(xù)三年都會(huì)在生日時(shí)會(huì)收到恐嚇信的保科琉璍子，為了今年的生日會(huì)能夠順利舉行而邀請(qǐng)毛利作為保鏢。來(lái)到保科宅邸的小五郎眾人發(fā)現(xiàn)屋子里有著眾多的時(shí)鐘，而對(duì)于時(shí)鐘的準(zhǔn)時(shí)性屋子的主任琉璍子也似乎有著非常人的執(zhí)著。在參觀屋子的時(shí)候柯南眾人還得知了屋子以前發(fā)生的事故，就在生日宴會(huì)中剛剛吹熄蠟燭的琉璍子突然被刺身亡！