平次和合葉被惡毒的律師美里沙關(guān)了起來(lái)，并強(qiáng)迫服部來(lái)解開(kāi)楠川偵探留下的一句暗號(hào)。另一方面柯南雖然在掌握了平次他們的行蹤，但因?yàn)檎也坏街缓谜伊思绎埖瓿晕顼垺Ｍ蝗黄酱未蛄艘煌娫?huà)過(guò)來(lái)，要求幫忙解暗號(hào)密碼，但柯南發(fā)現(xiàn)了暗號(hào)密碼的異常。此時(shí)，服部也為美里沙解開(kāi)了暗號(hào)的謎題，而柯南也成功解除謎題并報(bào)警解救出平次和葉子。

高木警官和佐藤警官瞞著警局里的同事們，偷偷在熱帶樂(lè)園的水世界見(jiàn)面，為了阻撓他們的約會(huì)，警局的同事們暗中搗鬼，安排柯南，光彥等人出現(xiàn)在他們面前，就在這個(gè)時(shí)候，高木警官原本裝有求婚戒指的包居然出現(xiàn)毒品，之后，他意識(shí)到這一定是在搭乘“海地五萬(wàn)里列車(chē)”時(shí)被人調(diào)了包，柯南根據(jù)這個(gè)包包的肩帶判斷出他的主人是個(gè)左撇子，并根據(jù)當(dāng)時(shí)所拍攝的照片和游客所填寫(xiě)的信息表，將目標(biāo)鎖定在一個(gè)叫高城登的人身上。

在園子的邀請(qǐng)下，小蘭和少年偵探隊(duì)來(lái)到奧谷湖舉辦的釣魚(yú)大賽，還在這里認(rèn)識(shí)了有奪冠資格的鲇川沙織、鱒渕拓也以及擔(dān)任自由作家的船木敏彥一行人，在第一天比賽結(jié)束后的夜晚，鱒渕和船木似乎為了什么事情在澡堂發(fā)生了爭(zhēng)吵，沒(méi)想到第二天上午，就在園子等人釣魚(yú)的附近，發(fā)現(xiàn)了船木的尸體，警方立刻介入調(diào)查，水井說(shuō)半年前也曾有人死在那里，柯南認(rèn)為這絕不是巧合，而兇手恐怕就是鲇川和鱒渕其中之一。

元太、光彥、步美目擊殺人事件。3人看見(jiàn)犯人要乘坐輕型卡車(chē)逃走，便潛入卡車(chē)跟蹤并聽(tīng)見(jiàn)挖掘洞穴及埋東西的聲音。次日，柯南與小五郎造訪卡車(chē)的所有方的倉(cāng)田運(yùn)輸，開(kāi)始調(diào)查。在調(diào)查之后眾人并沒(méi)有找到可疑的地方，之后柯南提議首先找到兇手隱藏尸體的地方，在不斷的尋找之后少年偵探團(tuán)的各位終于找到藏尸的地方而正在這時(shí)兇手出現(xiàn)，在眾人的齊心努力下，兇手終于被制服。

毛利偵探事務(wù)所來(lái)了三個(gè)委托人。要求調(diào)查失蹤的著名的系統(tǒng)工程師板倉(cāng)，三人是不同游戲公司的職員，受板倉(cāng)委托開(kāi)發(fā)各自不同的軟件。小五郎根據(jù)三人發(fā)來(lái)的郵件里的畫(huà)像，找到了賓館的房間，但是，和委托人一起去的時(shí)候發(fā)現(xiàn)板倉(cāng)已經(jīng)死亡。在柯南的提示之下暮目警官發(fā)現(xiàn)了板倉(cāng)被綁的真相并判斷此次事件為他殺事件！