柯南在朋友們?nèi)D書館做讀書報(bào)告時(shí)，警察突然來詢問圖書館職員玉田失蹤一事，館長(zhǎng)津川表示自己也不清楚，警察做了簡(jiǎn)單的搜尋后離開。但少年偵探團(tuán)留到夜晚做深入調(diào)查，期間館長(zhǎng)曾鬼鬼祟祟的來過一次，等他離開后，大家發(fā)現(xiàn)館長(zhǎng)在利用圖書館進(jìn)行販毒交易，當(dāng)他們找到被館長(zhǎng)殺害的玉田的尸體時(shí)，沒想到館長(zhǎng)也發(fā)現(xiàn)了他們，少年偵探團(tuán)能否順利脫險(xiǎn)？

小五郎應(yīng)畫家花岡之邀前來談話，可是等了許久仍沒見到花岡的身影，就在小五郎生氣要離開時(shí)花岡出現(xiàn)，與此同時(shí)，另一位住在對(duì)面的女插畫家蝶野打來電話說要自殺，柯南等人親眼看到蝶野從樓下墜落，趕到現(xiàn)場(chǎng)時(shí)蝶野已死，而這個(gè)看似自殺的案件其實(shí)是他人謀殺，兇手就是花岡，可蝶野從樓上跳下時(shí)，花岡正和大家在一起，他到底是怎么做到的？

麗花身上有被捆綁的痕跡，柯南在調(diào)查中扭開水龍頭的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)水居然是從蓮蓬頭流出，確定了兇手之后，接下來就是找證據(jù)，柯南麻醉小五郎，借助小五郎的聲音讓三船、五條、六田、一枝脫下外套，更加確定了自己的推測(cè)，在黑暗的別墅中，柯南指出兇手，而兇手的殺人動(dòng)機(jī)則源于兩年前。

小蘭的同學(xué)直子被綁架，當(dāng)歹徒發(fā)現(xiàn)有警察時(shí)，便放棄交易開車沖進(jìn)海里，直子再次下落不明，直子父親的秘書花井很是擔(dān)心。某日，小五郎突然接到不要在調(diào)查此事的要求，柯南察覺事有蹊蹺，暗暗潛入直子家后聽到了花井和直子爸爸的談話，原來直子的爸爸再次接到歹徒電話，但他卻不愿花五億保女兒的性命，這讓花井很生氣，柯南躲在后備箱里，跟著他們來到交易場(chǎng)所，見到了所謂的「歹徒」。

就在小五郎因跟蹤一個(gè)男人三天而大賺一筆高興時(shí)，電視上播報(bào)出一個(gè)名叫根岸的人在紅鬼村火祭被燒焦的消息，誰想此人正是小五郎跟蹤了三天的人，而嫌疑最大的就是繼承了根岸五億財(cái)產(chǎn)的阿部豐，可根岸被殺的時(shí)候，阿部豐在外旅行，因此他有充分的不在場(chǎng)證明，可這些沒能瞞過柯南的眼睛，他還是解開了阿部豐的「不在場(chǎng)證明」。