柯南、步美等人從博士家里找到了一封四十年前來(lái)自博士初戀情人的信，信上除了說(shuō)每十年在回憶的地點(diǎn)見(jiàn)面之外，還留下了一串像是暗示地點(diǎn)的數(shù)字，而今天剛好是四十年后的相約之日。經(jīng)過(guò)推理，他們一行人來(lái)到動(dòng)物園，將信上的數(shù)字與動(dòng)物入園的順序相結(jié)合，他們找到了飛鼠館，而正巧在他們的面前站著一位女性，她會(huì)是阿笠博士的初戀嗎？

某個(gè)炎熱的夏日，博士帶少年偵探隊(duì)來(lái)到山里采集昆蟲(chóng)，期間，博士出了一道暗號(hào)讓他們進(jìn)行尋寶，內(nèi)容是“丸蟲(chóng)、家、帳篷”沒(méi)想到這個(gè)暗號(hào)居然難住了柯南。另一方面，在海灘度假的小蘭，打電話給柯南說(shuō)她們那里發(fā)生了命案，死者是與小蘭住一家旅館的見(jiàn)山，之后，她和園子還遭到了攻擊，而唯一的線索就只有死者留下的一串字母。

當(dāng)前可以確定的是，歹徒已經(jīng)以賓客的身份潛入了婚禮會(huì)場(chǎng)，于是，警方讓新娘躲在門(mén)后觀察可疑賓客，最終將目標(biāo)鎖定在三個(gè)可疑人身上，就在警方想要采集這三個(gè)的指紋時(shí)，新郎卻不耐煩的拉著新娘盡快完婚，而這時(shí)，柯南已經(jīng)知道了歹徒的身份，他借小五郎之口指出歹徒，那么，得知真相的警方會(huì)有何行動(dòng)？由美和佐藤警官又有什么秘密計(jì)劃？

柯南和小蘭在公園遇到了帶狗玩耍的八木沢夫婦和堤夫婦，兩只小狗武藏和克爾更是贏得他們的喜愛(ài)，然而，沒(méi)過(guò)幾日，就發(fā)生了一起惡狗傷人事件，攻擊者正是武藏，它咬傷了隔壁中谷太太的婆婆，導(dǎo)致其失血過(guò)多而死，雖然小五郎和柯南等人認(rèn)為是中谷太太命令武藏進(jìn)行襲擊，可卻沒(méi)有確鑿的證據(jù)，直到克爾在案發(fā)的院子里找到……

小五郎受狩谷伴子太太所托來(lái)到狩谷家?guī)退冶慌獊G的手機(jī)，隨后大家分別對(duì)可能拿走手機(jī)的大策、嗣貴和滋英進(jìn)行詢問(wèn)，卻并未找到，反而在小五郎等人離開(kāi)的時(shí)候，伴子找到了手機(jī)。本以為一切就此結(jié)束，誰(shuí)也沒(méi)想到伴子當(dāng)晚就遭人殺害，警方對(duì)狩谷家的人一一進(jìn)行偵訊，卻發(fā)現(xiàn)每個(gè)人都有不在場(chǎng)證明，期間，家里的仆人提起了12年前所發(fā)生的事情……