紀曉嵐夜讀時又接到被扔進窗子的紙條，上面寫有郭天的消息，紀曉嵐懷疑黑衣人正是張了了。紀曉嵐夜探郭天，得到通報的和珅與盧焯眼見沒有退路，只得慌忙扮成囚犯躺在隔壁囚房。乾隆看到瑤琴乘坐的馬車很是欣喜，不料落入盧安的圈套，也被一同押走。乾隆三人被關在洞中，外面重兵把守。乾隆佯裝自殺以騙過盧安，再見機救出瑤琴。紀曉嵐終于醒悟，誓要擺脫情感糾葛，全力調查國庫虧空一案。紀曉嵐扮作江湖郎中，偶遇掌管賬本的宋司庫，以自己掌握的情況博得宋司庫信任，并抓住其惶恐的心理，以消災為由取得真賬本。和珅模不透紀曉嵐葫蘆里賣的是什么藥，便決定先下手為強，命盧安將瑤琴押回杭州以要挾郭天認罪，卻沒料到乾隆在盧安即將動身時救出瑤琴。

福康安與和因偷偷挪用貢珠煉取仙丹而惴惴不安，備受太后寵愛的小月跟隨紀曉嵐奉旨赴臨青州，調查藥方疑案，和見阻撓不成，詐稱可助他們一臂之力，騙取皇上信任。幾個人輾轉住進一如意樓。側面打聽到此地有一位名叫黃鐵牙的神醫。 四姑娘尾隨而至，直闖紀曉嵐房間，語帶雙關二人詩詞酬和，心照不宣。小月多疑，頓生不滿。實際上四姑娘此行特為要對御醫呂長安殺人滅口。十四王爺又密授兩位黑衣女子跟蹤四姑娘必要時斬草除根。 名醫世家出身的炳康和香草是青梅竹馬的伙伴，二人勤勤懇懇，為煉就一付能長生不第之仙藥不辭勞苦，炳唐之父，正是才因奶娘暴亡而受牽連的御醫呂長安--神醫黃鐵牙，此番在家鄉被香草之父，德和堂藥鋪何掌柜收留，隱姓埋名。 尷尬人偏遇尷尬事，小月剛剛與逡巡而來，闖入如意樓的和撞個滿懷，又與來無影去無蹤的四姑娘“巧遇”。

紀曉嵐受和與欽差福康安陷害，被罷官免職。他巧施計謀，以須臾不離口的煙袋點燃路邊一串鞭炮，幫助小月、莫愁在混亂之中及時逃脫官兵的羈押。小月為避追殺，東躲西藏，不期而同曾自稱“許仙”的皇上，皇上的龍顏自然使本欲趕盡殺絕的福康安望而卻步，不明底細的小月卻在慌亂中忽略了其中的隱情，還自認為是福星高照。 云州知府吳大人受和指使，對紀曉嵐落井下石，將其書籍用具等毀于雨中，和則乘人之危故做好人，想利用紀的聰明才智，解開皇上關于身世的疑團，以便邀功請賞。紀曉嵐看穿了他的陰險虛偽，毫不客氣地反唇相譏。 皇上表面上解除了紀曉嵐的官職，實際上是要其以一介布衣之身份，迅速勘查云州一帶官員貪污賑災糧款、中飽私囊的大案，不致打草驚蛇，紀曉嵐欣然接受。 莫愁、小月等以舞獅子做掩護，將紀曉嵐、和與“許仙”劫為人質，既身陷囹圄，不免苦中作樂，三個人嬉笑怒罵，皆成文章，紀曉嵐更是不失時機，利用各種機會，使和丑態百出。

莫愁救出的那位女子自稱是《紅樓夢》作者曹雪芹之妻湘云，因慕紀曉嵐之名，特意拜訪，希望能借助正在編纂《四庫全書》的紀大人之手，使“紅樓”重見天日。紀曉嵐與寄居其府宅“閱微草堂”的小月、莫愁為書中情節所感染，急欲一睹作者面目，一起來到香山紅葉村，眼前的景象卻著實凄涼：殘垣斷墻，人去室空，只有作者遺像懸掛在墻上。正身傷感，卻被福康安的大隊人馬圍堵，說是要搜捕反清復明的殘孽余黨。 利用《紅樓夢》這部所謂的反書，福康安落井下石，將紀曉嵐投入天牢，和幸災樂禍，假意探望。正當小月、莫愁一籌莫展，從泰山而來的皇上口諭意外地救了他們。原來太后嗜好紀府以中藥炮制的話梅，限期二日之內速送至泰安府。剛剛在第一回合的較量中占了風頭的和雖不甘就此罷休，憚于太后、皇上之命，放了紀曉嵐出獄。 湘云怕《紅樓夢》書稿被抄沒和失落，執意要求由紀曉嵐來保管，面對她的信任，紀曉嵐決心不惜身家性命，定為這部千古奇書盡了綿薄之力，使之盡早刊行于世。

紀曉嵐拿到賬本后隱隱不安，果然有人趁紀曉嵐不備時搶走賬本。乾隆和瑤琴經過生死磨難，已是兩情相悅、不能自已。收到張了了送來的賬目，和珅將假賬目交與盧焯以做郭天貪污的證據，由于瑤琴被救，和珅與盧焯決定改變計劃，同意郭天自盡，對外宣稱其是畏罪自殺。乾隆藥醒，得知自己身份已暴露，干脆帶瑤琴趕往浙江營救郭天。劉全再次用柳哥要挾張了了，讓其做偽供，佯稱和珅給盧焊的假賬目是從紀曉嵐身上搶走的真賬目。瑤琴擊鼓鳴冤，和珅與盧焯見乾隆駕到慌忙升堂。乾隆堂上審訊，和珅與盧焯讓張了了出面，試圖將責任推到紀曉嵐身上而瞞天過海，誰知紀曉嵐拿出真賬本，并聲稱自己早已有所防備，張了了搶走的只是副本。