警察開(kāi)始調(diào)查帳篷燃燒的原因，籃球社的成員都有不在場(chǎng)證明。柯南從段野的證詞那里發(fā)現(xiàn)了奇怪之處，黑田管理官也發(fā)覺(jué)了異樣，這不是一起意外自殺，而是故意殺人事件。柯南從大家做的橡子挑擔(dān)偶人得到了啟發(fā)，懷疑是有人做了一個(gè)自動(dòng)起火裝置故意暗殺了漆原史昭。

柯南所在的班里來(lái)了一位新老師名叫若狹留美，若狹老師想在體育課前用石灰畫(huà)線，卻發(fā)現(xiàn)石灰已經(jīng)用完了。柯南告訴若狹老師舊倉(cāng)庫(kù)里可能有石灰，元太和光彥開(kāi)玩笑說(shuō)舊倉(cāng)庫(kù)有幽靈出沒(méi)，若狹老師感到很害怕，便拜托少年偵探團(tuán)一同前往舊倉(cāng)庫(kù)。在尋找石灰的過(guò)程中，柯南發(fā)現(xiàn)一扇通往地下的門(mén)，眾人合力打開(kāi)門(mén)后，卻驚人地發(fā)現(xiàn)了一具骸骨……

警方確定了一起寶石搶劫案的嫌疑人，嫌疑人鷹取嚴(yán)男躲在一個(gè)倉(cāng)庫(kù)里，不知為何柯南與小五郎也在場(chǎng)。警方突破倉(cāng)庫(kù)門(mén)進(jìn)入準(zhǔn)備抓捕嫌疑人時(shí)，鷹取嚴(yán)男打開(kāi)事先設(shè)下的陷阱，趁現(xiàn)場(chǎng)混亂之時(shí)綁架了柯南當(dāng)做人質(zhì)逃跑。柯南在犯人車(chē)上伺機(jī)逃跑，不料卻跑進(jìn)死胡同里被抓。無(wú)奈之下柯南被帶到了一個(gè)荒廢的倉(cāng)庫(kù)里，犯人鷹取嚴(yán)男究竟想讓柯南做些什么？

一直被大家遺忘在家中的狗引起了柯南與平次的注意，二人很快就洞察了這一系列殺人事件的作案手段。平次委托村長(zhǎng)告訴眾人他已經(jīng)得知了鵺的真面目，并在庭院內(nèi)為眾人重新演示了一遍案發(fā)當(dāng)日的情形。在二人的推理下真相終于浮出水面，兇手成功被警方抓獲。當(dāng)案件塵埃落定后，平次終于鼓起勇氣準(zhǔn)備向和葉告白……

毛利小五郎受久須美工械廠社長(zhǎng)的委托，調(diào)查工廠零部件被偷的案件，為了不引起職員的警惕，柯南和小蘭也一同隨行假裝參觀。在對(duì)職員們暗中調(diào)查后，行為怪異的谷崎成為毛利小五郎的懷疑對(duì)象，三人計(jì)劃在倉(cāng)庫(kù)抓住罪犯的現(xiàn)行，不料卻發(fā)現(xiàn)谷崎死在了反鎖的房間里。正當(dāng)案件一籌莫展時(shí)，谷崎生前研究的老鼠機(jī)器人引起了柯南的注意。