柯南等人來(lái)到方斗寺調(diào)查會(huì)預(yù)知未來(lái)的佛像一事，因天色已晚便決定在寺院內(nèi)留宿。正當(dāng)眾人享用晚飯時(shí)，突然從房?jī)?nèi)傳出一聲慘叫，原來(lái)是正在房中念經(jīng)的住持被人殺害。毛利小五郎通過(guò)柯南在院內(nèi)找到的一些線索，推斷出了兇手的身份，然而正當(dāng)兇手跪地坦白自己的罪行時(shí)，柯南突然發(fā)現(xiàn)案件并沒(méi)有結(jié)束……

警察開(kāi)始調(diào)查帳篷燃燒的原因，籃球社的成員都有不在場(chǎng)證明。柯南從段野的證詞那里發(fā)現(xiàn)了奇怪之處，黑田管理官也發(fā)覺(jué)了異樣，這不是一起意外自殺，而是故意殺人事件。柯南從大家做的橡子挑擔(dān)偶人得到了啟發(fā)，懷疑是有人做了一個(gè)自動(dòng)起火裝置故意暗殺了漆原史昭。

警方確定了一起寶石搶劫案的嫌疑人，嫌疑人鷹取嚴(yán)男躲在一個(gè)倉(cāng)庫(kù)里，不知為何柯南與小五郎也在場(chǎng)。警方突破倉(cāng)庫(kù)門進(jìn)入準(zhǔn)備抓捕嫌疑人時(shí)，鷹取嚴(yán)男打開(kāi)事先設(shè)下的陷阱，趁現(xiàn)場(chǎng)混亂之時(shí)綁架了柯南當(dāng)做人質(zhì)逃跑。柯南在犯人車上伺機(jī)逃跑，不料卻跑進(jìn)死胡同里被抓。無(wú)奈之下柯南被帶到了一個(gè)荒廢的倉(cāng)庫(kù)里，犯人鷹取嚴(yán)男究竟想讓柯南做些什么？

柯南確信被警察盯上的千野并不是真正的犯人，而尸體的第一發(fā)現(xiàn)者福田先生和催促番藤與天城協(xié)商的江崎小姐都有殺人的機(jī)會(huì)，但在調(diào)查中柯南并沒(méi)有得到這方面的線索。案件的條理逐漸明確，犯人殺死天城和番藤的目的是為了陷害千野，想起千野偶爾擔(dān)任推理小說(shuō)新人獎(jiǎng)的審查后另一條線索出現(xiàn)了。

柯南等人幫助舊書(shū)店店主裕次郎搬運(yùn)書(shū)籍，并在書(shū)店遇到了裕次郎的兒子一郎。一郎對(duì)于父親經(jīng)營(yíng)舊書(shū)店的事感到很不滿，爭(zhēng)執(zhí)中眾人不歡而散。在光彥的帶領(lǐng)下，柯南等人來(lái)到了舊書(shū)店旁的公園，準(zhǔn)備觀看蒸汽機(jī)車發(fā)動(dòng)的場(chǎng)面，并在等待的途中偶遇了一郎。正當(dāng)眾人與蒸汽機(jī)車合影完畢返回書(shū)店時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)裕次郎被壓在了倒塌的書(shū)架下面……