八號(hào)車廂里的殺人事件已經(jīng)偵破，而有希子與苦艾酒的對(duì)峙還沒有結(jié)束，在八號(hào)車廂制造火災(zāi)假象后等待著小哀的是波本。與苦艾酒所計(jì)劃的一樣，隨著列車的爆炸苦艾酒的任務(wù)也告一段落，正在品味勝利成果的她卻又看到了和少年偵探團(tuán)一起的小哀，這一切的背后還有所隱藏，前來協(xié)助柯南的究竟是何方神圣？

案件解決后大龍警官卻并沒有要回到大阪的意思，發(fā)現(xiàn)大龍警官的異樣后柯南和平次等人一路尾隨來到了深山里的洋房，房里的兄弟姐妹們圍繞著遺產(chǎn)繼承話題明爭(zhēng)暗斗，洋房主人臥室里的棺材存在著諸多的疑點(diǎn)，小蘭和合葉在棺材里看到了駭人的一幕，整個(gè)事件籠罩在吸血鬼那毛骨悚然的氣息之中。

在警方介入調(diào)查奈奈美母親的墜亡事件時(shí)，少年偵探團(tuán)的孩子們卻不見了蹤影，而現(xiàn)代當(dāng)家的助手長(zhǎng)瀨先生也不見了。柯南等人在神秘的暗黑之塔中遇到了各式各樣的機(jī)關(guān)，在塔內(nèi)他們還遭到了神秘人物的追趕，當(dāng)柯南反應(yīng)過來時(shí)身邊的伙伴們都消失不見，獨(dú)自尋找同伴的他想起了奈奈美的哥哥所說的話語，暗黑之塔寶藏的秘密即將揭曉。

委托小五郎調(diào)查男友柘植是否有外遇的笹森小姐不幸從石階上墜亡，三個(gè)月后小五郎又接到了柘植的電話，他表示會(huì)公開殺害笹森小姐的兇手。除了小五郎之外，在葬禮上吵成一團(tuán)的三人也都被叫到了現(xiàn)場(chǎng)，但當(dāng)他們一起進(jìn)入房間后卻發(fā)現(xiàn)柘植先生已經(jīng)被人殺害，而殺害柘植先生的兇手必定也與笹森小姐的事件有所關(guān)聯(lián)，而兇手就在受邀前來的三人里面。

急著跑進(jìn)偵探事務(wù)所的千葉警官拜托小五郎找人，與他在咖啡館相識(shí)的美緒小姐最近遭到了恐嚇，從廁所回來的千葉警官得知美緒小姐似乎遇到了什么事而逃回家中，四處尋找拿錯(cuò)雨傘的美緒小姐時(shí)千葉警官又遭到了不明車子的襲擊。正在和小五郎他們四處尋找美緒的千葉接到了通報(bào)，而卷入殺人事件中的年輕小姐便是美緒。