在警方介入調(diào)查奈奈美母親的墜亡事件時(shí)，少年偵探團(tuán)的孩子們卻不見(jiàn)了蹤影，而現(xiàn)代當(dāng)家的助手長(zhǎng)瀨先生也不見(jiàn)了。柯南等人在神秘的暗黑之塔中遇到了各式各樣的機(jī)關(guān)，在塔內(nèi)他們還遭到了神秘人物的追趕，當(dāng)柯南反應(yīng)過(guò)來(lái)時(shí)身邊的伙伴們都消失不見(jiàn)，獨(dú)自尋找同伴的他想起了奈奈美的哥哥所說(shuō)的話(huà)語(yǔ)，暗黑之塔寶藏的秘密即將揭曉。

照經(jīng)營(yíng)管理出租公寓的桐谷貴江婆婆的說(shuō)法，小五郎每個(gè)禮拜都會(huì)到她家里幫忙解決難題，對(duì)此感到難以置信的小蘭和柯南一起來(lái)到了桐谷婆婆家里等待，而出現(xiàn)的卻是自稱(chēng)婆婆孫女男友的恩田，而他特地打扮成小五郎的目的只是為了探望婆婆的情況。婆婆管理的出租公寓內(nèi)傳來(lái)了慘叫，作為房客的傅川先生被害，而真正的兇手就在發(fā)現(xiàn)尸體的三個(gè)房客之中。

看似自殺的案件還存在著很多疑點(diǎn)，現(xiàn)場(chǎng)留下的物件和快速轉(zhuǎn)臺(tái)的情況讓柯南明白了作案手法，而能夠作為決定性證據(jù)的物品還藏在真正的兇手身上。奶奶受到的訊息讓恩田的謊言不攻自破，而作為冒牌小五郎的他正處于尷尬的境地，察覺(jué)到背后隱情的柯南并不準(zhǔn)備揭穿他，柯南還準(zhǔn)備讓這個(gè)冒牌的小五郎展現(xiàn)名推理指出真正的兇手。

怪盜基德與赤面人魚(yú)（前篇）

被襲擊的迫田暈倒前指向了小蘭，擁有空手道段數(shù)的小蘭被懷疑，尋找到目擊證人的柯南還從飾演過(guò)蝴蝶夫人的兩位演員身上找到了小蘭飾演角色的原型，而劇本內(nèi)第二起殺人事件的死亡訊息也不知道蘊(yùn)含著什么意義。案件變得更加撲朔迷離，擁有犯罪嫌疑的人越來(lái)越多，而在案件還沒(méi)解決的情況下又有人遭到了襲擊。