以幕末的長崎為舞臺，有坂本龍馬擔任的偵探而活躍的推理劇，正在負責寫腳本的編劇家耕作先生突然消失蹤影，只寫了一半的劇本則委托小五郎先生幫忙推理出劇中的真正犯人，調查了耕作房間的柯南等人發現了許多古董美術品竊盜團的簡報，這一切似乎都有著隱情。失蹤中的耕作先生利用郵件將后續的劇本傳送過來，在劇本中出現了奇怪的臺詞。

幸福郵件招來不幸

茱蒂的追憶與賞花的陷阱（后篇）

備受期待的黑色玫瑰演唱會即將開始，因為門票而卷入麻煩的園子又遇到了錯怪她的古奈遙小姐，而古奈遙被偷走的門票竟然以事發咖啡廳的名義高價拍賣。還沒有出勤的雅子自然成為了被懷疑的對象，但當他們前去詢問時才發現雅子小姐已被人殺害，看似是偷竊殺人的現場卻讓柯南感覺到了強烈的違和感。

寒假的這天柯南發燒了休息，而原本約定好的在步美家的紙牌游戲也沒有辦法參加。就在和步美通電話時忽然有個叫做正南的小男孩說有陌生人闖進家中敲開了步美家的門，但之后他的父母便過來把他帶走了。看似小孩子的惡作劇但柯南卻發現其實他們不是真的父母，正南可能真的面臨危險！于是少年偵探團的各位來到正南的家里一探究竟。