阿笠博士送給柯南一幅追蹤犯人眼鏡，柯南本想把發(fā)信器粘在小蘭身上，卻陰錯陽差的粘在了來偵探事務所找爸爸的雅美手表上，根據(jù)女孩提供的信息柯南在賽馬場找到了女孩的爸爸健三，事情本應就此結(jié)束，可第二天傳來的卻是健三的死訊，擔心雅美有危險，柯南利用追蹤器找到了一個高大的男人并非雅美，從柯南另一個參與此事的偵探口中得知此事并非尋人那么簡單，深入調(diào)查過程中，又出現(xiàn)了一樁命案。

茶木警官讓所有賓客互相做暗號，防止基德混入其中，這時，船內(nèi)突然暗了下來，光束中基德出現(xiàn)，鈴木夫人毫不猶豫開槍射向他，一片混亂中，鈴木夫人解釋這是她請來的真田魔術(shù)師，小蘭在紙牌魔術(shù)中抽到了基德的留言，而這時一顆顆散落的珍珠在地上爆炸，賓客們躁動不安，戴在鈴木夫人身上的「黑暗星辰」也被偷走，柯南拉著小蘭來到機房說他已知道誰是基德……

小蘭找來醫(yī)生時，卻發(fā)現(xiàn)柯南不見了，她四處尋找來到了犯罪現(xiàn)場，而服部已經(jīng)開始了對兇手的指認，兇手就是死者的父親利光，他本人也主動承認，這時，工藤新一出現(xiàn)，他推翻了服部的推測，并對兇手重新指認，服部甘愿認輸，警方帶走兇手后，工藤因心痛難耐顧不上和小蘭說句話就躲了起來變回柯南，休息了三天后，他意識到老白干是讓他恢復原形的方法。

柯南、小五郎和小蘭驅(qū)車去北海道看丹頂鶴，偶然認識了飼養(yǎng)丹頂鶴的大伯，他邀請柯南他們?nèi)プ约杭胰胱。蟛牡艿馨⒈崆檎写麄儯驮谶@個時候大伯的兒子阿浩和女兒則子為財產(chǎn)的事兒而來。之后，柯南等人一起去泡了溫泉，回到屋子的時候發(fā)現(xiàn)大伯被人用十字弓射殺，而阿浩則跑去警局自首，但柯南依據(jù)自己對現(xiàn)場的勘查認為兇手另有其人。

某天小五郎偶遇了大木田社長并把自己的名片給了他。之后的晚上大木田突發(fā)心臟病身亡，而小五郎和小蘭，柯南為了配合調(diào)查也來到大木田的家里。在調(diào)查了現(xiàn)場之后柯南發(fā)現(xiàn)了大木田大量出汗的事實，而從現(xiàn)場外面的花和點心處發(fā)現(xiàn)了大木田死亡的真正的原因。之后柯南得知了社長和司機之間的矛盾后推理的方向也越加明確最終柯南以新一的身份告訴了暮目警官犯人的真實身份并抓獲了犯人。