簡(jiǎn)單問(wèn)過(guò)案情之后，小五郎隨警方來(lái)到案發(fā)的二樓進(jìn)行查看，根據(jù)死者頭部的槍傷，推斷出兇手的身高應(yīng)該在在180cm左右，雖然船本先生有嫌疑但卻低于死者，種種推斷都否決了船本殺人的可能，然而，柯南卻在他輪椅上發(fā)現(xiàn)了蔥，沒(méi)錯(cuò)，兇手就是他，可是他到底是如何犯案？消失的珍珠項(xiàng)鏈又被如何處理了？

小五郎一行人駕車來(lái)到杯戶中央橋卻并沒(méi)有任何發(fā)現(xiàn)，這時(shí)，園子突然打來(lái)電話，小蘭從園子那里得知了板垣樂(lè)隊(duì)的標(biāo)志正是釘子，于是一行人又來(lái)到了附近的紋身店，并從顧客所留的照片中將嫌疑鎖定在三個(gè)身上，如今有關(guān)鋸子和釘子的線索都得到了解釋，那目擊者所看到的錘子又是什么呢？注意到對(duì)面的大樓后，柯南知道所謂的錘子，在他的提示下小五郎找到了兇手。回家路上，柯南洞察到了本堂瑛佑的意圖，他到底是什么人？

柯南認(rèn)為這并非單純的自殺事件，期間一定存在兇手X，于是他匆忙跑去調(diào)查，與此同時(shí)，原本陪委托人床前小百合慢跑的小五郎也察覺(jué)到了蛛絲馬跡，當(dāng)他趕到與浦生良造初次見(jiàn)面的餐館時(shí)碰巧遇見(jiàn)了柯南，兩人一起尋找線索，雖然關(guān)鍵性的證據(jù)被暗中襲來(lái)的兇手搶走，但小五郎還是知道了兇手是誰(shuí)，面對(duì)真相與友誼，身為偵探的小五郎該做何選擇？

小五郎，蘭，柯南一行人受到虎田直信的委托，負(fù)責(zé)調(diào)查他的兒子義郎離奇死亡的案件，與此同時(shí)，服部在虎田的死對(duì)頭龍尾家調(diào)查他兒子康司的死亡，與義郎相同，康司的尸體旁也擺放了一只死蜈蚣。當(dāng)晚，和葉和小蘭看到了身著鎧甲的戰(zhàn)敗武士的影子，得知此事后，龍尾家的綾華神大驚失色跑了出去，而發(fā)現(xiàn)她的時(shí)候，她已經(jīng)被吊死在一顆樹上，腳下同樣出現(xiàn)了一只死蜈蚣。

警察分別對(duì)嫌疑人詠?zhàn)印⒕沾蜑|川進(jìn)行了偵訊，可是每個(gè)人都有不在場(chǎng)的證明，這時(shí)，英祐突然發(fā)現(xiàn)自己與母親的合照不見(jiàn)了，于是柯南，小蘭陪他一起去泳池那邊尋找，看著鍛吾的死亡地點(diǎn)，柯南腦中重現(xiàn)當(dāng)時(shí)的情景，他將所有的線索連成一線，真相浮出水面，隨后，他用老方法讓小五郎沉睡，并指揮高木重現(xiàn)兇手所使用的手法，沒(méi)錯(cuò)能這么做的只有那個(gè)人！