七年前載滿相當(dāng)于十億日元金子的竜神號(hào)，突然出現(xiàn)在敷島海面。以幽靈船為噱頭的村長(zhǎng)三上邀請(qǐng)小五郎來(lái)演講，而他的真正目的是拜托小五郎找到金子的所在。演講時(shí)，小五郎差點(diǎn)喪命講臺(tái)，兇手很有可能是島上的守衛(wèi)浜田，和旅行社職員上原，兩人也似乎是舊識(shí)。當(dāng)晚小五郎一路追蹤襲擊他的武士，卻被人打暈掉入了兇手的陷阱，成了殺害浜田的兇手。

委托人為表示感謝，招待小五郎三人溫泉旅行，他們?cè)诖畛藴娇h的列車(chē)上，遇到了兩名爭(zhēng)吵的醫(yī)生佐藤、伊達(dá)，期間伊達(dá)曾生氣離開(kāi)。換乘休息的途中，警察在與湯之山線列車(chē)路線基本相同的花之街線列車(chē)上發(fā)現(xiàn)尸體，柯南洞察到伊達(dá)神情怪異有犯罪嫌疑，可他是怎么樣在兩趟不一樣的列車(chē)上游走殺人的？

柯南、小蘭和小五郎散步的時(shí)候，聽(tīng)到附近大樓傳出女聲的尖叫，聞聲趕到的柯南等人發(fā)現(xiàn)不動(dòng)產(chǎn)社長(zhǎng)井本被殺，經(jīng)過(guò)排查，犯人鎖定在了曾經(jīng)賣(mài)漁具的寺沢、來(lái)借錢(qián)的土橋和協(xié)商離婚的妻子貴子三人身上，柯南發(fā)現(xiàn)了兇手的法案手法后，利用簡(jiǎn)單的道具，提醒小五郎，最終犯人難逃法網(wǎng)。

某天一個(gè)自稱(chēng)是新一女朋友的量子前往毛利偵探事務(wù)所，此舉引起了小蘭極大的反感。其實(shí)量子被拜托看護(hù)著名足球運(yùn)動(dòng)員赤木英雄的弟弟赤木守，而小守竟遭綁架！迫于綁匪的壓力量子不敢驚動(dòng)警察才出此下策。在小蘭拜訪量子的時(shí)候柯南發(fā)覺(jué)了量子的難言之隱以新一的身份打來(lái)了詢問(wèn)電話。在柯南的推理幫助下終于找到被綁架的小守而英雄也在得知弟弟被找到后完美的贏得了比賽。

這天，少年偵探團(tuán)跟阿笠博士一起來(lái)到電影“哥美拉”的拍攝現(xiàn)場(chǎng)由博士的朋友三上導(dǎo)演帶著參觀。但這是電影的制片人龜井卻說(shuō)出了電影要在今年終結(jié)的事實(shí)。突然從休息室傳出了松井的哀嚎聲，原來(lái)松井竟然被人刺殺！當(dāng)少年偵探團(tuán)的各位趕到片場(chǎng)時(shí)看到了哥美拉刺殺龜井的現(xiàn)場(chǎng)！在追蹤哥美拉后只找到被焚燒的哥美拉服。看似毫無(wú)頭緒的現(xiàn)場(chǎng)在柯南縝密的勘察下最終發(fā)現(xiàn)了犯人的身份。