小五郎應邀去一個劇團監控現場狀況，查看中柯南誤入道具室，沒想到他竟然在那里聽到了演員駒塚的殺人計劃，而且自己還十分不幸的被駒塚發現并監禁了起來，計劃逃跑的這段時間內，演員伴野和矢吹陸續來到這里在道具上做手腳，得知了三個心懷鬼胎的人所制定的殺人計劃后，柯南能否在戲劇開始前阻止他們的殺人行動？

妃英理找到企圖辭職的九條檢察官，并告訴她竹內的死并非自殺而是經過策劃的謀殺案件，得知此事九條檢察官決定和妃英理一起在法庭上將真相公之于眾。審判過程中，小五郎以辯方的特別證人出現，他不但說明了竹內夫婦早已名存實亡的婚姻，還將五年前竹內違法建筑案的內幕也說了出來，然而最關鍵的竹內死亡之謎還是由柯南道出真相！

小五郎載柯南和小蘭去泡溫泉的時候，目暮警官突然打來電話，說他們租來的這輛車子上被人安裝的炸彈而且時速必須保持在20公里以上，否則就會引起爆炸，面對這種突發狀況，小五郎只能繼續開車等待警察前來救援，但是即使打破玻璃救走小蘭和柯南，卻依舊無法保證小五郎的安全，如何讓車子在保持時速的情況下停止？犯人到底與小五郎又有何恩怨？

服部打電話告訴柯南雖然沒有查到水無憐奈的過去，但是找到了關于神秘轉學生本堂英祐的事情，于是，柯南根據服部所提供的情報和阿笠博士、灰原來到了據說有英祐父親照片的模型店店長的家中，可是，店長卻發現柯南要找的照片突然不見了，并且根據房中所留下的痕跡來看，柯南斷言一定有人曾入侵過這個房間。

步美發現圖書館的書被人撕掉了一頁，氣憤的她決定找出“元兇”，根據借書卡的記載，柯南和步美找到了內藤司，可他今天卻沒上課，與此同時，學校的巖石標本也人被偷偷走，柯南認為這可能是司所為，于是找到了他家，在查看了司的房間后，他們發現了一張寫有暗號的字條，少年偵探團集結智慧，終于在大濱海灘找到了想要喚回逝去母親的司。